Effect of preorganization on the affinity of synthetic DNA binding motifs for nucleotide ligands.
Effect of preorganization on the affinity of synthetic DNA binding motifs for nucleotide ligands.
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预组织对合成 DNA 结合基序与核苷酸配体亲和力的影响
DOI：
10.1039/c5ob00508f
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发表时间：
2015
影响因子：
3.2
通讯作者：
C. Richert
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
S. Vollmer;C. Richert
在嘌呤链上有间隙的三联体已经被证明通过Watson-Crick和Hoogsteen碱基配对的组合来结合腺苷或鸟苷衍生物。强化结合部位应该有利于亲和力。在这里，我们报告了划定结合位点的钳子对亲和力的影响不大，而桥接嘌呤链的缺口可以强烈地增加对ATP、cAMP和FAD的亲和力。具有丙烯桥或基本核苷类似物的两链三螺旋基序的解离常数最低，后者的Kd值低至30 nM。综上所述，我们的数据表明，通过共价桥改善前组织可以增加对核苷酸配体的亲和力。但是，一个庞大的桥也可能阻碍腺嘌呤碱基的两种可选结合模式之一。这一结果可能有助于为含有嘌呤的配体设计新的受体、开关或存储基序。
Triplexes with a gap in the purine strand have been shown to bind adenosine or guanosine derivatives through a combination of Watson–Crick and Hoogsteen base pairing. Rigidifying the binding site should be advantageous for affinity. Here we report that clamps delimiting the binding site have a modest effect on affinity, while bridging the gap of the purine strand can strongly increase affinity for ATP, cAMP, and FAD. The lowest dissociation constants were measured for two-strand triple helical motifs with a propylene bridge or an abasic nucleoside analog, with Kd values as low as 30 nM for cAMP in the latter case. Taken together, our data suggest that improving preorganization through covalent bridges increases the affinity for nucleotide ligands. But, a bulky bridge may also block one of two alternative binding modes for the adenine base. The results may help to design new receptors, switches, or storage motifs for purine-containing ligands.
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