Investigating a quadruplex-ligand interaction by unfolding kinetics.
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DOI：
10.1021/ja0615425
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发表时间：
2006-08-02
影响因子：
15
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Green, Jeremy J.;Ladame, Sylvain;Ying, Liming;Klenerman, David;Balasubramanian, Shankar
我们已经研究了分子内的人端粒DNA G-四链体与半花青肽配体的相互作用，通过研究与互补的DNA寡核苷酸的四链体打开的速率。通过采用最小动力学模型，观察到的四链体开放速率和配体浓度之间的关系，使估计的解离常数。范特霍夫分析显示结合的焓变和熵变分别为−77 ± 22 kJ mol−1和−163 ± 75 J mol−1 K−1。对自由和结合四链体的打开速率常数进行阿克里尼乌斯分析，得到活化能分别为118 ± 2和98 ± 10 kJ mol−1。这些结果表明，配体的存在下，只有一个小的活化能的影响，这表明配体的解结合发生后的过渡态四链体解折叠。
We have investigated the interaction of the intramolecular human telomeric DNA G-quadruplex with a hemicyanine–peptide ligand, by studying the rate of quadruplex opening with a complementary DNA oligonucleotide. By employing a minimal kinetic model, the relationship between the observed rate of quadruplex opening and the ligand concentration has enabled estimation of the dissociation constant. A van't Hoff analysis revealed the enthalpy and entropy changes of binding to be −77 ± 22 kJ mol−1 and −163 ± 75 J mol−1 K−1, respectively. Arrhenius analyses of the rate constants of opening free and bound quadruplex gave activation energies of 118 ± 2 and 98 ± 10 kJ mol−1, respectively. These results indicate that the presence of the ligand has only a small effect on the activation energy, suggesting that the unbinding of the ligand occurs after the transition state for quadruplex unfolding.
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影响因子：
14.9
作者：
Simonsson, T;Pecinka, P;Kubista, M
通讯作者：
Kubista, M
影响因子：
14.9
作者：
Sun D;Guo K;Rusche JJ;Hurley LH
通讯作者：
Hurley LH
DOI：
10.1073/pnas.0506144102
发表时间：
2005-12-27
影响因子：
11.1
作者：
Lee, JY;Okumus, B;Ha, TJ
通讯作者：
Ha, TJ
影响因子：
5.7
作者：
WANG, Y;PATEL, DJ
通讯作者：
PATEL, DJ
影响因子：
15
作者：
Dai, JX;Dexheimer, TS;Yang, DZ
通讯作者：
Yang, DZ