An expanded class of histidine-accepting viral tRNA-like structures.
An expanded class of histidine-accepting viral tRNA-like structures.
复制标题
一类扩展的组氨酸接受病毒tRNA样结构。
DOI：
10.1261/rna.078550.120
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发表时间：
2021-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kieft JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Langeberg CJ;Sherlock ME;MacFadden A;Kieft JS
结构RNA元件在RNA病毒的基因组中很常见，通常在病毒感染过程中起关键作用。一些病毒RNA元件使用tRNA模仿的形式，但这种模仿可以实现的不同方式知之甚少。组氨酸接受trna样结构（TLSHis）是在一些正义单链RNA （+ssRNA）病毒的3 '端发现的例子，它们与几种宿主蛋白相互作用，诱导RNA基因组的组氨酸化，并促进对感染重要的过程，包括基因组复制。由于仅报道了5个TLSHis例子，我们使用生物信息学方法探索了该TLS类可能更大的系统发育分布和多样性。我们发现了许多TLSHis的新例子，产生了严格的共识序列和二级结构模型，我们通过对代表性TLSHis rna的化学探测进行了验证。我们通过证明它们在体外被组化的能力来证实新的例子是真正的TLSHis，然后使用突变分析来暗示三级相互作用，可能类似于在典型trna中发现的D-和t -环相互作用。这些结果扩大了我们对不同RNA序列如何在病毒RNA基因组背景下实现tRNA样结构和功能的理解，并为通过组氨酸接受TLSs进行tRNA模拟的高分辨率结构研究奠定了基础。
Structured RNA elements are common in the genomes of RNA viruses, often playing critical roles during viral infection. Some viral RNA elements use forms of tRNA mimicry, but the diverse ways this mimicry can be achieved are poorly understood. Histidine-accepting tRNA-like structures (TLSHis) are examples found at the 3′ termini of some positive-sense single-stranded RNA (+ssRNA) viruses where they interact with several host proteins, induce histidylation of the RNA genome, and facilitate processes important for infection, to include genome replication. As only five TLSHis examples had been reported, we explored the possible larger phylogenetic distribution and diversity of this TLS class using bioinformatic approaches. We identified many new examples of TLSHis, yielding a rigorous consensus sequence and secondary structure model that we validated by chemical probing of representative TLSHis RNAs. We confirmed new examples as authentic TLSHis by demonstrating their ability to be histidylated in vitro, then used mutational analyses to imply a tertiary interaction that is likely analogous to the D- and T-loop interaction found in canonical tRNAs. These results expand our understanding of how diverse RNA sequences achieve tRNA-like structure and function in the context of viral RNA genomes and lay the groundwork for high-resolution structural studies of tRNA mimicry by histidine-accepting TLSs.
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影响因子：
16.6
作者：
Hartwick EW;Costantino DA;MacFadden A;Nix JC;Tian S;Das R;Kieft JS
通讯作者：
Kieft JS
影响因子：
2.9
作者：
DREHER, TW;TSAI, CH;GIEGE, R
通讯作者：
GIEGE, R
影响因子：
14.9
作者：
Du, X;Wang, ED
通讯作者：
Wang, ED
DOI：
10.1099/jgv.0.000884
发表时间：
2017-08
期刊：
The Journal of general virology
影响因子：
--
作者：
Adams MJ;Adkins S;Bragard C;Gilmer D;Li D;MacFarlane SA;Wong SM;Melcher U;Ratti C;Ryu KH;Ictv Report Consortium
通讯作者：
Ictv Report Consortium
影响因子：
5.6
作者：
FELDEN, B;FLORENTZ, C;WESTHOF, E
通讯作者：
WESTHOF, E