DNA methylation screening identifies driver epigenetic events of cancer cell survival.
DNA methylation screening identifies driver epigenetic events of cancer cell survival.
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DOI：
10.1016/j.ccr.2012.03.045
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发表时间：
2012-05-15
期刊：
影响因子：
50.3
通讯作者：
Jones PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
De Carvalho DD;Sharma S;You JS;Su SF;Taberlay PC;Kelly TK;Yang X;Liang G;Jones PA
癌细胞通常表现出异常的DNA甲基化模式，可以驱动恶性转化。癌细胞是否依赖于这些异常的表观遗传修饰仍然是难以捉摸的。我们使用实验和生物信息学方法来揭示需要DNA甲基化才能使癌细胞存活的基因组区域。首先，我们调查了DNA甲基转移酶高度受损的癌细胞中残留的DNA甲基化谱。然后，我们根据这些图谱在原发性正常组织和肿瘤组织中的DNA甲基化状态对其进行聚类。最后，我们使用基因表达荟萃分析来确定依赖于DNA甲基化介导的基因沉默的区域。我们进一步通过实验表明，这些基因必须通过DNA甲基化沉默才能使癌细胞存活，这表明这些是与肿瘤发生相关的关键表观遗传事件。
Cancer cells typically exhibit aberrant DNA methylation patterns that can drive malignant transformation. Whether cancer cells are dependent on these abnormal epigenetic modifications remains elusive. We used experimental and bioinformatics approaches to unveil genomic regions that require DNA methylation for survival of cancer cells. First, we surveyed the residual DNA methylation profiles in cancer cells with highly impaired DNA methyltransferases. Then, we clustered these profiles according to their DNA methylation status in primary normal and tumor tissues. Finally, we used gene expression meta-analysis to identify regions that are dependent on DNA methylation-mediated gene silencing. We further showed experimentally that these genes must be silenced by DNA methylation for cancer cell survival, suggesting these are key epigenetic events associated with tumorigenesis.
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影响因子：
4.8
作者：
Manns, Joachim;Daubrawa, Merle;Wesselborg, Sebastian
通讯作者：
Wesselborg, Sebastian
DOI：
10.1073/pnas.0604602103
发表时间：
2006-09-19
影响因子：
11.1
作者：
Egger, Gerda;Jeong, Shinwu;Liang, Gangning
通讯作者：
Liang, Gangning
影响因子：
64.5
作者：
Lee, TI;Jenner, RG;Young, RA
通讯作者：
Young, RA
影响因子：
8
作者：
De Carvalho, D. D.;Binato, R.;Amarante-Mendes, G. P.
通讯作者：
Amarante-Mendes, G. P.
影响因子：
7
作者：
Estecio, Marcos R. H.;Gallegos, Juan;Issa, Jean-Pierre J.
通讯作者：
Issa, Jean-Pierre J.