CHARMM: the biomolecular simulation program.
CHARMM: the biomolecular simulation program.
复制标题
CHARMM：生物分子模拟程序。
DOI：
10.1002/jcc.21287
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发表时间：
2009-07-30
影响因子：
3
通讯作者：
Karplus, M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brooks, B. R.;Brooks, C. L., III;Mackerell, A. D., Jr.;Nilsson, L.;Petrella, R. J.;Roux, B.;Won, Y.;Archontis, G.;Bartels, C.;Boresch, S.;Caflisch, A.;Caves, L.;Cui, Q.;Dinner, A. R.;Feig, M.;Fischer, S.;Gao, J.;Hodoscek, M.;Im, W.;Kuczera, K.;Lazaridis, T.;Ma, J.;Ovchinnikov, V.;Paci, E.;Pastor, R. W.;Post, C. B.;Pu, J. Z.;Schaefer, M.;Tidor, B.;Venable, R. M.;Woodcock, H. L.;Wu, X.;Yang, W.;York, D. M.;Karplus, M.
关键词：
CHARMM（哈佛分子力学化学）是一个高度通用的 和广泛使用的分子模拟程序。它是在 在过去的三十年里，主要关注生物学感兴趣的分子， 包括蛋白质、肽、脂质、核酸、碳水化合物和小分子 分子配体，如它们存在于溶液、晶体和膜中 环境.对于研究此类系统，该程序提供了一个大型套件 计算工具，包括许多构象和路径采样 方法，自由能估计，分子最小化，动力学，和分析 技术和建模能力。此外，CHARMM计划是 适用于涉及更广泛的多粒子系统的问题。 CHARMM的计算可以使用许多不同的能量 函数和模型，从混合量子力学-分子力学力 场，到具有显式溶剂的全原子经典势能函数 和各种边界条件，隐式溶剂和膜模型。的 程序已移植到许多平台上，包括串行和并行 建筑本文概述了该计划，因为它存在的今天 重点是自最初的CHARMM出版以来的发展 1983年的纸。
CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics) is a highly versatile and widely used molecular simulation program. It has been developed over the last three decades with a primary focus on molecules of biological interest, including proteins, peptides, lipids, nucleic acids, carbohydrates and small molecule ligands, as they occur in solution, crystals, and membrane environments. For the study of such systems, the program provides a large suite of computational tools that include numerous conformational and path sampling methods, free energy estimators, molecular minimization, dynamics, and analysis techniques, and model-building capabilities. In addition, the CHARMM program is applicable to problems involving a much broader class of many-particle systems. Calculations with CHARMM can be performed using a number of different energy functions and models, from mixed quantum mechanical-molecular mechanical force fields, to all-atom classical potential energy functions with explicit solvent and various boundary conditions, to implicit solvent and membrane models. The program has been ported to numerous platforms in both serial and parallel architectures. This paper provides an overview of the program as it exists today with an emphasis on developments since the publication of the original CHARMM paper in 1983.
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DOI：
10.1016/s1359-0278(97)00024-2
发表时间：
1997-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Bahar, I;Atilgan, AR;Erman, B
通讯作者：
Erman, B
影响因子：
4.4
作者：
Andricioaei, I;Karplus, M
通讯作者：
Karplus, M
影响因子：
2.1
作者：
Baecker, Arnd
通讯作者：
Baecker, Arnd
影响因子：
5.6
作者：
Archontis, G;Simonson, T;Karplus, M
通讯作者：
Karplus, M
影响因子：
2.8
作者：
Archontis, G;Leontidis, E
通讯作者：
Leontidis, E