A cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) method for the identification of geographical isolates of Schistosoma japonicum in China
A cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) method for the identification of geographical isolates of Schistosoma japonicum in China
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剪切扩增多态性序列（CAPS）方法鉴定中国日本血吸虫地理分离株
DOI：
10.1179/2047773211y.0000000004
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发表时间：
2011-10
影响因子：
--
通讯作者：
X Q ZHU
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J LI;G H ZHAO;M S MAHMOUD;F C ZOU;X Q ZHU
日本血吸虫（Schistosoma japonicum）是由血吸虫日本血吸虫（Schistosoma japonicum）引起的一种严重的寄生虫人兽共患病，在东南亚特别是在中国大陆引起显著的发病率、死亡率和相当大的经济损失（Zhou et al.，2005; Bergquist等人，2008; Zhou等人，2008年; Li等人，2010年）。尽管中国已经做出了控制血吸虫病的重大努力，但由于气候变化和人类活动，这种疾病似乎正在重新出现（Wang et al.，2009年）。迄今为止，血吸虫病在中国的七个省（云南、四川、安徽、湖北、江西、江苏和湖南省）仍然流行（Ross等人，2001），这种传染病在中国的影响几乎与艾滋病毒/艾滋病和结核病相当（Engels等人，2005年）。
在以往的研究中，S。已经使用多种遗传标记检测了来自中国不同地方病省份的日本血吸虫种群（Bogh等人，1999; Sorensen等人，1999; Zhu等人，1999; Shrivastava等人，2005; Zhao等人，2009a; Zhao等人，2009 b; Zhao等人，2009年c）。然而，这些标记和检测到的遗传变异尚未用于实际的鉴定和区分S。日本血吸虫地理分离物。经济改革、生态环境恶化、山洪、滑坡、人口流动等因素对S. Japonicum（Li等人，2000;濑户等人，2008年）。因此，重要的是能够识别S的不同遗传变体。日本山茱萸
已经开发了用于分析遗传变异的各种方法，包括单链构象多态性（西莫埃et al.，2007）、变性高效液相色谱法（Nickerson等人，2000）、基因芯片（Schmalzing等人，2000）、TaqMan探针（Shi等人，1999）和焦磷酸测序技术（Ahmadian等人，2000年）。然而，这样的技术可能是耗时的和/或需要检测仪器或标记的寡核苷酸。相比之下，切割扩增多态性序列（CAPS）技术是允许快速检测单核苷酸多态性（SNP）的简单且有效的方法（Neff等人，1998; Komori and Nitta，2005）。
CAPS基于靶基因的基于PCR的扩增和随后使用限制性内切酶消化扩增子。消化的PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳分离。CAPS生成与传统限制性片段长度多态性分析相同类型的数据，但显著减少了分析所需的纯化DNA量和耗时步骤。该方法可以检测纯合子和杂合子个体（Weiland和Yu，2003; Komori和Nitta，2005）。CAPS已成功地用于研究植物如拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传多样性（Hardtke et al.，1996; Barth等人，2002）、日本柳杉（Cryptomeria japonica）（Tsumura和Tomaru，1999; Tsumura等人，1999）和Pisum sativum L.（Konovalov等人，2009），但很少用于研究寄生虫的变异（Gandhi等人，2009年）。本研究的目的是确定特定的SNP位点的地理分离的S。根据以往的研究结果，利用这些SNPs，CAPS技术被开发并用于鉴定和区分S。日本血吸虫云南分离株和其他流行省份分离株的分离株。
Schistosomiasis japonica, caused by the blood fluke Schistosoma japonicum, is a severe parasitic zoonosis, causing significant morbidity, mortality and considerable economic losses in south-east Asia, particularly in mainland China (Zhou et al., 2005; Bergquist et al., 2008; Zhou et al., 2008; Li et al., 2010). Although there have been significant efforts to control schistosomiasis in China, this disease appears to be re-emerging due to climate changes and human activities (Wang et al., 2009). Thus far, schistosomiasis is still endemic in seven provinces (Yunnan, Sichuan, Anhui, Hubei, Jiangxi, Jiangsu and Hunan provinces) of China (Ross et al., 2001), and the impact of this communicable disease in China is almost equal to that of HIV/AIDS and tuberculosis (Engels et al., 2005).
In previous studies, genetic variation among S. japonicum populations from different endemic provinces in China has been detected using a variety of genetic markers (Bogh et al., 1999; Sorensen et al., 1999; Zhu et al., 1999; Shrivastava et al., 2005; Zhao et al., 2009a; Zhao et al., 2009b; Zhao et al., 2009c). However, these markers and the detected genetic variability have not been utilized for the practical identification and differentiation of S. japonicum geographical isolates in China. The economic reform and the deterioration of ecological environment, flash floods, landslides and the mobility of human population appear to be having an impact on the transmission of S. japonicum (Li et al., 2000; Seto et al., 2008). Consequently, it is important to be able to identify different genetic variants of S. japonicum in China.
Various methods for the analysis of genetic variation have been developed, including single-strand conformation polymorphism (Simoes et al., 2007), denaturing high-performance liquid chromatography (Nickerson et al., 2000), gene chips (Schmalzing et al., 2000), TaqMan probe (Shi et al., 1999) and pyrosequencing technology (Ahmadian et al., 2000). However, such techniques can be time-consuming and/or require detection instruments or labelled oligonucleotides. In contrast, the cleaved amplified polymorphism sequence (CAPS) technique is a simple and effective method to allow the rapid detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) (Neff et al., 1998; Komori and Nitta, 2005).
CAPS is based on the PCR-based amplification of targeted genes and subsequent digestion of amplicons using restriction enzymes. The digested PCR products are separated by agarose gel electrophoresis. CAPS generates the same type of data as traditional restriction fragment length polymorphism analysis, but significantly reduces the amount of purified DNA required for analysis and time-consuming steps. This method can detect both homozygous and heterozygous individuals (Weiland and Yu, 2003; Komori and Nitta, 2005). CAPS has been successfully used to study genetic diversity in plants, such as Arabidopsis thaliana (Hardtke et al., 1996; Barth et al., 2002), Cryptomeria japonica (Tsumura and Tomaru, 1999; Tsumura et al., 1999) and Pisum sativum L. (Konovalov et al., 2009), but has seldom been used to study variation in parasites (Gandhi et al., 2009). The aims of the present study were to identify SNP sites specific for geographical isolates of S. japonicum based on results of previous studies. Using these SNPs, the CAPS technique was developed and used to identify and differentiate S. japonicum isolates from Yunnan province and those from other endemic provinces.
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影响因子：
2.5
作者：
Seto, Edmund Y. W.;Wu, Weiping;Davis, George M.
通讯作者：
Davis, George M.
影响因子：
0.5
作者：
M. Gandhi;Arpita Singh;V. Dev;T. Adak;A. P. Dashd;H. Joshi
通讯作者：
M. Gandhi;Arpita Singh;V. Dev;T. Adak;A. P. Dashd;H. Joshi
影响因子：
--
作者：
T. Burland
通讯作者：
T. Burland
影响因子：
4
作者：
Sorensen, E;Bogh, HO;McManus, DP
通讯作者：
McManus, DP
DOI：
10.1136/mp.52.5.295
发表时间：
1999-10-01
期刊：
JOURNAL OF CLINICAL PATHOLOGY-MOLECULAR PATHOLOGY
影响因子：
--
作者：
Shi, MM;Myrand, SP;de la Iglesia, FA
通讯作者：
de la Iglesia, FA