Automated forward and reverse ratcheting of DNA in a nanopore at 5-Å precision.
Automated forward and reverse ratcheting of DNA in a nanopore at 5-Å precision.
复制标题
DOI：
10.1038/nbt.2147
复制
发表时间：
2012-02-14
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
单分子技术已经被开发用于商业DNA测序。一种新兴的策略使用纳米孔来分析DNA分子，因为它们以单一的文件顺序被电泳法驱动通过传感器。然而，通过纳米孔进行不受控制的DNA链电泳对于准确的碱基读取来说太快了。一种拟议的解决方案是使用过程性酶以较慢的平均速度通过毛孔传递DNA。在这里，我们描述了DNA模板通过由野生型phi29DNA聚合酶(Phi29DNAP)控制的α-溶血素(α-HL)纳米孔的正向和反向棘轮。DNA链以单文件顺序以一个核苷酸空间精度进行实时检测。在没有优化的情况下，注册表错误概率(沿着模板链一次传递期间的插入或缺失)在10%到24.5%之间。这种通用策略便于对单个模板链的多次读取，并可转移到其他纳米孔装置以实现DNA序列分析。
Single-molecule techniques have been developed for commercial DNA sequencing. One emerging strategy uses a nanopore to analyze DNA molecules as they are driven electrophoretically in single file order past a sensor. However, uncontrolled DNA strand electrophoresis through nanopores is too fast for accurate base reads. A proposed solution would employ processive enzymes to deliver DNA through the pore at a slower average rate. Here, we describe forward and reverse ratcheting of DNA templates through the α–hemolysin (α-HL) nanopore controlled by wild-type phi29 DNA polymerase (phi29 DNAP). DNA strands were examined in single file order at one nucleotide spatial precision in real time. The registry error probability (either an insertion or deletion during one pass along a template strand) ranged from 10% to 24.5% absent optimization. This general strategy facilitates multiple reads of individual template strands and is transferrable to other nanopore devices for implementation of DNA sequence analysis.
登录
查看更多内容
影响因子：
15
作者：
Hurt N;Wang H;Akeson M;Lieberman KR
通讯作者：
Lieberman KR
影响因子：
15
作者：
Lieberman KR;Cherf GM;Doody MJ;Olasagasti F;Kolodji Y;Akeson M
通讯作者：
Akeson M
影响因子：
38.3
作者：
Tsutsui, Makusu;Taniguchi, Masateru;Kawai, Tomoji
通讯作者：
Kawai, Tomoji
DOI：
10.1073/pnas.1001831107
发表时间：
2010-09-14
影响因子：
11.1
作者：
Derrington, Ian M.;Butler, Tom Z.;Gundlach, Jens H.
通讯作者：
Gundlach, Jens H.
影响因子：
3.4
作者：
Movileanu, L;Cheley, S;Bayley, H
通讯作者：
Bayley, H