A phylogenetic mixture model for gene family loss in parasitic bacteria.
A phylogenetic mixture model for gene family loss in parasitic bacteria.
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寄生细菌基因家族丢失的系统发育混合模型。
DOI：
10.1093/molbev/msp102
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发表时间：
2009
影响因子：
10.7
通讯作者：
Spencer M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Spencer M
基因家族经常从原核生物基因组中获得和丢失。人们普遍认为，在成为寄生虫或内共生体的谱系中，一些但不是所有基因家族的丢失率都加快了。这导致了一种形式的异序性，这可能是基于基因内容的遗传估计的不良性能的原因。我们描述了一个混合物模型，占这种异质性。我们表明，该模型拟合的数据上的基因家族分布在细菌从COG数据库比以前的模型好得多。然而，它仍然倾向于一个人造树拓扑结构，其中寄生虫形成一个分支，而不是更合理的16S拓扑结构。与先前的基因组动力学模型相反，我们的模型表明，祖先细菌的基因组很小。我们认为，基因家族的增益和损失的模型可能是更有用的理解基因组动态比估计系统发育树。
Gene families are frequently gained and lost from prokaryotic genomes. It is widely believed that the rate of loss was accelerated for some but not all gene families in lineages that became parasites or endosymbionts. This leads to a form of heterotachy that may be responsible for the poor performance of phylogeny estimation based on gene content. We describe a mixture model that accounts for this heterotachy. We show that this model fits data on the distribution of gene families across bacteria from the COG database much better than previous models. However, it still favors an artifactual tree topology in which parasites form a clade over the more plausible 16S topology. In contrast to a previous model of genome dynamics, our model suggests that the ancestral bacterium had a small genome. We suggest that models of gene family gain and loss are likely to be more useful for understanding genome dynamics than for estimating phylogenetic trees.
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DOI：
10.1073/pnas.0400975101
发表时间：
2004-06-29
影响因子：
11.1
作者：
Boussau, B;Karlberg, EO;Andersson, SGE
通讯作者：
Andersson, SGE
影响因子：
10.7
作者：
Gu, X;Zhang, HM
通讯作者：
Zhang, HM
伯杰系统细菌学手册第 3 卷
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
Youichi Niimrua;Ken-ichiro Suzuki
通讯作者：
Ken-ichiro Suzuki
关于推断基因组系统发育模型的可取性。
影响因子：
15.9
作者：
J. McInerney
通讯作者：
J. McInerney
影响因子：
10.7
作者：
Whelan, Simon
通讯作者：
Whelan, Simon