COGENT: evaluating the consistency of gene co-expression networks.
COGENT: evaluating the consistency of gene co-expression networks.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa787
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发表时间：
2021-07-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Deane CM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bozhilova LV;Pardo-Diaz J;Reinert G;Deane CM
基因共表达网络可以以多种不同的方式构建，既可以使用不同的共表达测量，也可以使用应用于来自任何给定数据集的计算的共表达值的阈值。通常不清楚应该优选哪种共表达网络构建方法。COGENT提供了一套工具，旨在帮助选择网络构建方法，而无需任何外部验证数据。 https://github.com/lbozhilova/COGENT. 补充信息可在Bioinformatics在线获得。
Gene co-expression networks can be constructed in multiple different ways, both in the use of different measures of co-expression, and in the thresholds applied to the calculated co-expression values, from any given dataset. It is often not clear which co-expression network construction method should be preferred. COGENT provides a set of tools designed to aid the choice of network construction method without the need for any external validation data. https://github.com/lbozhilova/COGENT. Supplementary information is available at Bioinformatics online.
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作者：
Lee, HK;Hsu, AK;Pavlidis, P
通讯作者：
Pavlidis, P
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3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
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3
作者：
Park T;Yi SG;Kang SH;Lee S;Lee YS;Simon R
通讯作者：
Simon R
DOI：
10.1093/bioinformatics/btab041
发表时间：
2021-08-04
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Pardo-Diaz J;Bozhilova LV;Beguerisse-Díaz M;Poole PS;Deane CM;Reinert G
通讯作者：
Reinert G
影响因子：
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作者：
Trajanovski, Stojan;Martin-Hernandez, Javier;Van Mieghem, Piet
通讯作者：
Van Mieghem, Piet