KOunt: a reproducible KEGG orthologue abundance workflow.
KOunt: a reproducible KEGG orthologue abundance workflow.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btad483
复制
发表时间：
2023-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
准确的基因预测对成功的宏基因组分析至关重要。我们提出了KOunt，一个snakmakake管道，精确量化KEGG同源丰度。KOunt在GitHub上可用：https://github.com/WatsonLab/KOunt。在figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.21269715上可以找到KOunt参考数据库。测试数据可在https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22250152和KOunt 1.2.0版本https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23607834上获得。
Accurate gene prediction is essential for successful metagenome analysis. We present KOunt, a Snakemake pipeline, that precisely quantifies KEGG orthologue abundance. KOunt is available on GitHub: https://github.com/WatsonLab/KOunt. The KOunt reference database is available on figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.21269715. Test data are available at https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22250152 and version 1.2.0 of KOunt at https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23607834.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
DiTing：从宏基因组和宏转录组数据推断和比较生物地球化学途径的管道
影响因子：
5.2
作者：
Xue CX;Lin H;Zhu XY;Liu J;Zhang Y;Rowley G;Todd JD;Li M;Zhang XH
通讯作者：
Zhang XH
影响因子：
8
作者：
Kanehisa, Minoru;Sato, Yoko;Kawashima, Masayuki
通讯作者：
Kawashima, Masayuki
影响因子：
3
作者：
Hyatt, Doug;Chen, Gwo-Liang;Hauser, Loren J.
通讯作者：
Hauser, Loren J.
影响因子：
5.8
作者：
Li, Weizhong;Godzik, Adam
通讯作者：
Godzik, Adam