The omics discovery REST interface
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DOI：
10.1101/2020.02.10.939967
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发表时间：
2020-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gaurhari Dass;M. Vu;P. Xu;E. Audain;M. Hitz;H. Hermjakob;Yasset Pérez-Riverol
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Gaurhari Dass;M. Vu;P. Xu;E. Audain;M. Hitz;H. Hermjakob;Yasset Pérez-Riverol
组学发现索引是一个开源平台，可用于访问、发现和传播组学数据集。 OmicsDI 集成了蛋白质组学、基因组学、代谢组学、模型和转录组学数据集。 OmicsDI 使用高效的索引系统，整合了不同的生物实体，包括基因、转录本、蛋白质、代谢物和 PubMed 的相应出版物。此外，它还实现了一组管道，通过跟踪每个数据集报告的引用、重新分析和生物实体的数量来估计每个数据集的影响。在这里，我们提出了 OmicsDI REST 接口，以便能够以编程方式访问 OmicsDI 中的任何数据集或特定提供商（数据库）的所有数据集。客户端可以使用不同的元数据信息（例如样本详细信息（物种、组织等）、仪器（质谱仪、测序仪）、关键字和其他提供的注释）在 API 上执行查询。此外，我们还提供了 R 和 Python 中的两个不同的库，以方便开发能够以编程方式与 OmicsDI REST 接口交互的工具。
The Omics Discovery Index is an open source platform that can be used to access, discover and disseminate omics datasets. OmicsDI integrates proteomics, genomics, metabolomics, models and transcriptomics datasets. Using an efficient indexing system, OmicsDI integrates different biological entities including genes, transcripts, proteins, metabolites and the corresponding publications from PubMed. In addition, it implements a group of pipelines to estimate the impact of each dataset by tracing the number of citations, reanalysis and biological entities reported by each dataset. Here, we present the OmicsDI REST interface to enable programmatic access to any dataset in OmicsDI or all the datasets for a specific provider (database). Clients can perform queries on the API using different metadata information such as sample details (species, tissues, etc), instrumentation (mass spectrometer, sequencer), keywords and other provided annotations. In addition, we present two different libraries in R and Python to facilitate the development of tools that can programmatically interact with the OmicsDI REST interface.