Simulating Illumina metagenomic data with InSilicoSeq.
Simulating Illumina metagenomic data with InSilicoSeq.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty630
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发表时间：
2019-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bongcam-Rudloff E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gourlé H;Karlsson-Lindsjö O;Hayer J;Bongcam-Rudloff E
宏基因组数据集的精确计算机模拟对于基准生物信息学工具以及实验设计非常重要。用户依赖于大规模模拟，不仅设计实验和新项目，而且还准确估计项目内的计算需求。不幸的是，目前大多数读取模拟器要么不适合宏基因组学，要么过时或记录相对较少。在这篇文章中，我们描述了InSilicoSeq，一个模拟宏基因组Illumina测序数据的软件包。InsilicoSeq拥有简单的命令行界面和丰富的文档。InSilicoSeq是在Python中实现的，能够以并行方式模拟真实的Illumina（Meta）基因组数据，并具有合理的默认参数。源代码和文档可以在https://github.com/HadrienG/InSilicoSeq和https://insilicoseq.readthedocs.io/上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
The accurate in silico simulation of metagenomic datasets is of great importance for benchmarking bioinformatics tools as well as for experimental design. Users are dependant on large-scale simulation to not only design experiments and new projects but also for accurate estimation of computational needs within a project. Unfortunately, most current read simulators are either not suited for metagenomics, out of date or relatively poorly documented. In this article, we describe InSilicoSeq, a software package to simulate metagenomic Illumina sequencing data. InsilicoSeq has a simple command-line interface and extensive documentation. InSilicoSeq is implemented in Python and capable of simulating realistic Illumina (meta) genomic data in a parallel fashion with sensible default parameters. Source code and documentation are available under the MIT license at https://github.com/HadrienG/InSilicoSeq and https://insilicoseq.readthedocs.io/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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