Assessing protein loop flexibility by hierarchical Monte Carlo sampling.
Assessing protein loop flexibility by hierarchical Monte Carlo sampling.
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DOI：
10.1021/ct1006696
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发表时间：
2011-05-10
影响因子：
5.5
通讯作者：
Jacobson, Matthew P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nilmeier, Jerome;Hua, Lan;Coutsias, Evangelos A.;Jacobson, Matthew P.
环的灵活性往往是至关重要的蛋白质在溶液中的生物功能。我们报告了一种新的Monte Carlo方法生成蛋白质环和环肽的构象系综。该方法采用了三轴回路闭合方法，该方法解决了生成骨干移动集，不打破循环的逆运动学问题。侧链以分层的方式与主干一起采样，使得可以进行跨越能量障碍的大移动。作为一个初步的应用程序，我们应用的方法，灵活的环磷酸丙糖异构酶的活性位点的上限，并证明所得到的环合奏同意与以前的结构研究的关键意见。我们还展示了，与其他3个测试案例，区分相对灵活和刚性循环在同一蛋白质的能力。
Loop flexibility is often crucial to protein biological function in solution. We report a new Monte Carlo method for generating conformational ensembles for protein loops and cyclic peptides. The approach incorporates the triaxial loop closure method which addresses the inverse kinematic problem for generating backbone move sets that do not break the loop. Sidechains are sampled together with the backbone in a hierarchical way, making it possible to make large moves that cross energy barriers. As an initial application, we apply the method to the flexible loop in triosephosphate isomerase that caps the active site, and demonstrate that the resulting loop ensembles agree well with key observations from previous structural studies. We also demonstrate, with 3 other test cases, the ability to distinguish relatively flexible and rigid loops within the same protein.
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影响因子：
2.9
作者：
Jacobson, MP;Pincus, DL;Friesner, RA
通讯作者：
Friesner, RA
影响因子：
2.9
作者：
Baysal, C;Meirovitch, H
通讯作者：
Meirovitch, H
影响因子：
2.2
作者：
Coutsias, EA;Seok, C;Dill, KA
通讯作者：
Dill, KA
影响因子：
1.7
作者：
Deem, MW;Bader, JS
通讯作者：
Bader, JS
影响因子：
3
作者：
Coutsias, EA;Seok, C;Dill, KA
通讯作者：
Dill, KA