GeneGenie: optimized oligomer design for directed evolution.
GeneGenie: optimized oligomer design for directed evolution.
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DOI：
10.1093/nar/gku336
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kell DB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Swainston N;Currin A;Day PJ;Kell DB
GeneGenie是一种新的在线工具，可在http://www.gene-genie.org上获得，用于支持合成基因和构建体的设计和自组装。GeneGenie允许通过直观、易于使用的网络界面设计编码基因序列的寡核苷酸队列，该基因序列经优化以在任何合适的宿主中表达。该工具确保一致的寡聚体重叠解链温度，最大限度地减少错误退火的可能性，优化在选定宿主中表达的密码子使用，允许正向和反向克隆序列（用于下游连接）的规范，并为诱变或定向进化研究提供支持。定向进化研究是通过构建变异库，通过可选的规格的'变异密码子'，含有混合物的基础上，在任何位置。例如，指定变体密码子TNT（其中N是任何核苷酸）将在该位置产生密码子达特、TCT、TGT和TTT的等摩尔混合物，编码氨基酸Tyr、Ser、Cys和Phe的混合物。该设施通过使用GeneGenie开发和合成增强型绿色荧光蛋白变体的文库来证明。
GeneGenie, a new online tool available at http://www.gene-genie.org, is introduced to support the design and self-assembly of synthetic genes and constructs. GeneGenie allows for the design of oligonucleotide cohorts encoding the gene sequence optimized for expression in any suitable host through an intuitive, easy-to-use web interface. The tool ensures consistent oligomer overlapping melting temperatures, minimizes the likelihood of misannealing, optimizes codon usage for expression in a selected host, allows for specification of forward and reverse cloning sequences (for downstream ligation) and also provides support for mutagenesis or directed evolution studies. Directed evolution studies are enabled through the construction of variant libraries via the optional specification of ‘variant codons’, containing mixtures of bases, at any position. For example, specifying the variant codon TNT (where N is any nucleotide) will generate an equimolar mixture of the codons TAT, TCT, TGT and TTT at that position, encoding a mixture of the amino acids Tyr, Ser, Cys and Phe. This facility is demonstrated through the use of GeneGenie to develop and synthesize a library of enhanced green fluorescent protein variants.
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