Genome-wide functional genomic and transcriptomic analyses for genes regulating sensitivity to vorinostat.
Genome-wide functional genomic and transcriptomic analyses for genes regulating sensitivity to vorinostat.
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DOI：
10.1038/sdata.2014.17
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Simpson, Kaylene J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Falkenberg, Katrina J.;Gould, Cathryn M.;Johnstone, Ricky W.;Simpson, Kaylene J.
为了更有效地在临床上使用这些抗癌化合物，识别对组蛋白去乙酰酶抑制剂(如伏立诺)的耐药机制是重要的。在这里，我们提供了一个数据集，其中包含多层严格的siRNA筛选基因，这些基因在被击倒时对涡旋调节剂诱导的细胞死亡具有敏感性。我们还提供了miRNA过表达筛选的数据，以寻找有助于涡流调节器敏感性的miRNAs。此外，我们还利用大规模并行测序技术对14个有效的抗涡流基因进行了转录分析。这些数据集适用于分析在有无涡旋器的情况下细胞死亡所涉及的基因和miRNAs，以及识别基因调控网络的计算生物学方法。
Identification of mechanisms of resistance to histone deacetylase inhibitors, such as vorinostat, is important in order to utilise these anticancer compounds more efficiently in the clinic. Here, we present a dataset containing multiple tiers of stringent siRNA screening for genes that when knocked down conferred sensitivity to vorinostat-induced cell death. We also present data from a miRNA overexpression screen for miRNAs contributing to vorinostat sensitivity. Furthermore, we provide transcriptomic analysis using massively parallel sequencing upon knockdown of 14 validated vorinostat-resistance genes. These datasets are suitable for analysis of genes and miRNAs involved in cell death in the presence and absence of vorinostat as well as computational biology approaches to identify gene regulatory networks.
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