Characterising within-hospitalSARS-CoV-2 transmission events using epidemiological and viral genomic data across two pandemic waves.
Characterising within-hospitalSARS-CoV-2 transmission events using epidemiological and viral genomic data across two pandemic waves.
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DOI：
10.1038/s41467-022-28291-y
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发表时间：
2022-02-03
影响因子：
16.6
通讯作者：
de Silva TI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lindsey BB;Villabona-Arenas CJ;Campbell F;Keeley AJ;Parker MD;Shah DR;Parsons H;Zhang P;Kakkar N;Gallis M;Foulkes BH;Wolverson P;Louka SF;Christou S;State A;Johnson K;Raza M;Hsu S;Jombart T;Cori A;Sheffield COVID-19 Genomics Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) consortium;CMMID COVID-19 working group;Evans CM;Partridge DG;Atkins KE;Hué S;de Silva TI
医院内爆发的新冠肺炎疫情导致相当大的死亡率和医疗服务中断，但人们对这种情况下的传播情况知之甚少。我们使用贝叶斯模型结合来自英国大型 NHS 信托基金的 2181 名患者和医护人员的病毒基因组和流行病学数据，来描述医院内传播的特征。比较了第一波（2020年3月1日至7月25日）和第二波（2020年11月30日至2021年1月24日）之间的传播事件。我们发现，工作人员之间的传播占所有感染的比例从 31.6% 减少到 12.9%。患者之间的传播率从 27.1% 增加到 52.1%。 40%-50% 的医院发病病例导致继续传播，而社区获得病例的这一比例为 4%。大流行期间采取的控制措施可能减少了医护人员之间的传播，但不足以防止患者之间传播的数量增加。由于医院获得性病例是大多数继续传播的推动力，因此需要更早识别院内病例，以打破医院传播链。 SARS-CoV-2 已导致医院内多次爆发，但识别传播事件具有挑战性。在这里，作者结合了英国医院信托基金前两波大流行的全基因组测序和流行病学数据，并描述了传播链。
Hospital outbreaks of COVID19 result in considerable mortality and disruption to healthcare services and yet little is known about transmission within this setting. We characterise within hospital transmission by combining viral genomic and epidemiological data using Bayesian modelling amongst 2181 patients and healthcare workers from a large UK NHS Trust. Transmission events were compared between Wave 1 (1st March to 25th July 2020) and Wave 2 (30th November 2020 to 24th January 2021). We show that staff-to-staff transmissions reduced from 31.6% to 12.9% of all infections. Patient-to-patient transmissions increased from 27.1% to 52.1%. 40%-50% of hospital-onset patient cases resulted in onward transmission compared to 4% of community-acquired cases. Control measures introduced during the pandemic likely reduced transmissions between healthcare workers but were insufficient to prevent increasing numbers of patient-to-patient transmissions. As hospital-acquired cases drive most onward transmission, earlier identification of nosocomial cases will be required to break hospital transmission chains. SARS-CoV-2 has resulted in multiple outbreaks in hospitals, but identifying transmission events is challenging. Here, the authors combine whole genome sequencing and epidemiological data from the first two waves of the pandemic at a UK hospital trust and characterise transmission chains.
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SARS-COV-2在康复诊所的爆炸性医学院爆发：爆发重建的基因组学的局限性。
DOI：
10.1016/j.jhin.2021.07.013
发表时间：
2021-11
期刊：
The Journal of hospital infection
影响因子：
--
作者：
Abbas M;Robalo Nunes T;Cori A;Cordey S;Laubscher F;Baggio S;Jombart T;Iten A;Vieux L;Teixeira D;Perez M;Pittet D;Frangos E;Graf CE;Zingg W;Harbarth S
通讯作者：
Harbarth S
在英国医院环境中，社区和医院获得的SARS-COV-2传播：一项队列研究。
影响因子：
15.8
作者：
Mo Y;Eyre DW;Lumley SF;Walker TM;Shaw RH;O'Donnell D;Butcher L;Jeffery K;Donnelly CA;Oxford COVID infection review team;Cooper BS
通讯作者：
Cooper BS
DOI：
10.1098/rstb.2020.0268
发表时间：
2021-07-19
期刊：
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
影响因子：
--
作者：
Evans S;Agnew E;Vynnycky E;Stimson J;Bhattacharya A;Rooney C;Warne B;Robotham J
通讯作者：
Robotham J
影响因子：
--
作者：
Colton, Hayley;Hodgson, David;Collini, Paul J
通讯作者：
Collini, Paul J
DOI：
10.3390/v13040604
发表时间：
2021-04-01
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Borges V;Isidro J;Macedo F;Neves J;Silva L;Paiva M;Barata J;Catarino J;Ciobanu L;Duarte S;Vieira L;Guiomar R;Gomes JP
通讯作者：
Gomes JP