TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.
TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.
复制标题
TISCH：一个全面的网络资源，可实现肿瘤微环境的交互式单细胞转录组可视化
DOI：
10.1093/nar/gkaa1020
复制
发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun D;Wang J;Han Y;Dong X;Ge J;Zheng R;Shi X;Wang B;Li Z;Ren P;Sun L;Yan Y;Zhang P;Zhang F;Li T;Wang C
通过检查点阻断靶向共抑制途径的癌症免疫疗法在多种癌症类型中显示出显著的疗效。然而，由于肿瘤微环境（TME）的随机异质性，只有少数患者对治疗有反应。单细胞RNA-seq技术的最新进展使得能够全面表征肿瘤中的免疫系统异质性，但也对如何整合和利用大量已发表的数据集来为免疫治疗提供信息提出了计算挑战。在这里，我们介绍了肿瘤免疫单细胞中心（TISCH，http://tisch.comp-genomics.org），这是一个大规模的策划数据库，整合了来自28种癌症类型的76个高质量肿瘤数据集的近200万个细胞的单细胞转录组学特征。所有数据均采用标准化工作流程进行统一处理，包括质量控制、批次效应去除、恶性细胞分类、细胞聚类、细胞类型注释、差异表达分析和功能富集分析。TISCH在单细胞水平或簇水平上提供跨多个数据集的交互式基因表达可视化，允许在不同细胞类型、患者、组织来源、治疗和反应组，甚至不同癌症类型之间进行系统比较。总之，TISCH提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化，搜索和下载多种癌症类型的TME中的基因表达图谱，从而实现对TME的快速，灵活和全面的探索。
Cancer immunotherapy targeting co-inhibitory pathways by checkpoint blockade shows remarkable efficacy in a variety of cancer types. However, only a minority of patients respond to treatment due to the stochastic heterogeneity of tumor microenvironment (TME). Recent advances in single-cell RNA-seq technologies enabled comprehensive characterization of the immune system heterogeneity in tumors, but also posed computational challenges on how to integrate and utilize the massive published datasets to inform immunotherapy. Here, we present Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH, http://tisch.comp-genomics.org), a large-scale curated database that integrates single-cell transcriptomic profiles of nearly two million cells from 76 high-quality tumor datasets across 28 cancer types. All the data were uniformly processed with a standardized workflow, including quality control, batch effect removal, malignant cell classification, cell clustering, cell-type annotation, differential expression analysis, and functional enrichment analysis. TISCH provides interactive gene expression visualization across multiple datasets at the single-cell level or cluster level, allowing systematic comparison between different cell-types, patients, tissue origins, treatment and response groups, and even different cancer-types. In summary, TISCH provides a user-friendly interface for systematically visualizing, searching, and downloading gene expression atlas in the TME from multiple cancer types, enabling fast, flexible and comprehensive exploration of the TME.
登录
查看更多内容
影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
DOI：
10.1038/nrc3239
发表时间：
2012-03-22
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
Pardoll DM
通讯作者：
Pardoll DM
影响因子：
14.9
作者：
Papatheodorou, Irene;Moreno, Pablo;Brazma, Alvis
通讯作者：
Brazma, Alvis
影响因子：
64.5
作者：
Azizi E;Carr AJ;Plitas G;Cornish AE;Konopacki C;Prabhakaran S;Nainys J;Wu K;Kiseliovas V;Setty M;Choi K;Fromme RM;Dao P;McKenney PT;Wasti RC;Kadaveru K;Mazutis L;Rudensky AY;Pe'er D
通讯作者：
Pe'er D