Sedimentation velocity ultracentrifugation analysis for hydrodynamic characterization of G-quadruplex structures.
Sedimentation velocity ultracentrifugation analysis for hydrodynamic characterization of G-quadruplex structures.
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DOI：
10.1007/978-1-59745-363-9_7
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Chaires, Jonathan B
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Garbett, Nichola C;Mekmaysy, Chongkham S;Chaires, Jonathan B
分析超速离心 (AUC) 是一种用于表征流体力学和热力学性质的强大技术。本文的目的是展示沉降速度 (SV) 研究在获取 G-四联体系统的水动力信息方面的实用性，并深入了解该过程的一部分，即现有 SV 数据的数据分析。有一系列数据分析软件可供使用，大部分是由 AUC 领域的知名研究人员编写和不断开发的，其中在 SV 数据分析方面进展尤其迅速。每个程序都有自己的学习曲线，本文旨在作为该领域的新手研究人员在数据分析过程中的资源。我们讨论了三种最常用的数据分析程序 DCDT+、Sedfit 和 SedAnal 的应用，以解释我们实验室在两个 G-四联体系统上获得的 SV 数据。
Analytical ultracentrifugation (AUC) is a powerful technique for the characterization of hydrodynamic and thermodynamic properties. The intent of this article is to demonstrate the utility of sedimentation velocity (SV) studies to obtain hydrodynamic information for G-quadruplex systems and to provide insights into one part of this process, namely, data analysis of existing SV data. An array of data analysis software is available, mostly written and continually developed by established researchers in the AUC field, with particularly rapid advances in the analysis of SV data. Each program has its own learning curve and this article is intended as a resource in the data analysis process for beginning researchers in the field. We discuss the application of three of the most commonly used data analysis programs, DCDT+, Sedfit and SedAnal, to the interpretation of SV data obtained in our laboratory on two G-quadruplex systems.