Optimized convergence for multiple histogram analysis
Optimized convergence for multiple histogram analysis
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DOI：
10.1016/j.jcp.2009.05.011
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发表时间：
2009-09-20
影响因子：
4.1
通讯作者：
Swendsen, Robert H.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Bereau, Tristan;Swendsen, Robert H.
我们提出了一种新的算法来求解加权直方图分析方法（WHAM）方程，以估计一组蒙特卡罗（MC）或分子动力学（MD）模拟的自由能。该算法基于自由能差，与广泛使用的直接迭代法相比，提供了一种更自然的解决问题的方法，并提高了收敛性。我们还研究了如何选择独立模拟的参数（温度、压力等）来优化自由能集的准确性。(C) 2009爱思唯尔公司版权所有。
We propose a new algorithm for solving the weighted histogram analysis method (WHAM) equations to estimate free energies out of a set of Monte Carlo (MC) or molecular dynamics (MD) simulations. The algorithm, based on free-energy differences, provides a more natural way of approaching the problem and improves convergence compared to the widely used direct iteration method. We also study how parameters (temperature, pressure, etc.) of the independent simulations should be chosen to optimize the accuracy of the set of free energies. (C) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.