Hybrid Systems Biology - Second International Workshop, HSB 2013, Taormina, Italy, September 2, 2013 and Third International Workshop, HSB 2014, Vienna, Austria, July 23-24, 2014, Revised Selected Papers
Hybrid Systems Biology - Second International Workshop, HSB 2013, Taormina, Italy, September 2, 2013 and Third International Workshop, HSB 2014, Vienna, Austria, July 23-24, 2014, Revised Selected Papers
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混合系统生物学 - 第二届国际研讨会，HSB 2013，意大利陶尔米纳，2013 年 9 月 2 日；第三届国际研讨会，HSB 2014，奥地利维也纳，2014 年 7 月 23-24 日，修订后的精选论文
DOI：
10.1007/978-3-319-27656-4_10
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Stewart D
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Stewart D
我们提出了FM-Sim，一个特定领域的模拟器定义和模拟荧光显微镜检测。在体外进行的实验方案可以在模拟器中定义。定义的协议，然后与啮齿动物中枢神经系统神经元的突触前行为的计算模型，允许模拟不同的刺激的荧光反应。模型的速率参数可以使用集成到模拟器中的贝叶斯推理函数来获得，给定在体外进行的方案的实验荧光观察作为训练数据。这些经过训练的协议允许在耗时和昂贵的体外研究之前预测潜在实验结果的硅模型。
We present FM-Sim, a domain-specific simulator for defining and simulating fluorescence microscopy assays. Experimental protocols as performedin vitromay be defined in the simulator. The defined protocols then interact with a computational model of presynaptic behaviour in rodent central nervous system neurons, allowing simulation of fluorescent responses to varying stimuli. Rate parameters of the model may be obtained using Bayesian inference functions integrated into the simulator, given experimental fluorescence observations of the protocol performedin vitroas training data. These trained protocols allow for predictivein silicomodelling of potential experimental outcomes prior to time-consuming and expensivein vitrostudies.