Mapping and validation of major quantitative trait loci for kernel length in wild barley (Hordeum vulgare ssp. spontaneum).
Mapping and validation of major quantitative trait loci for kernel length in wild barley (Hordeum vulgare ssp. spontaneum).
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野生大麦（Hordeum vulgare ssp. spontaneum）籽粒长度主要数量性状基因座的定位和验证
DOI：
10.1186/s12863-016-0438-6
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发表时间：
2016-09-13
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Zheng Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou H;Liu S;Liu Y;Liu Y;You J;Deng M;Ma J;Chen G;Wei Y;Liu C;Zheng Y
背景：籽粒长度是大麦的一个重要目标性状。育种计划然而，已知的控制籽粒长度的数量性状基因座（QTL）的数量有限。在本研究中，我们的目的是确定主效QTL的籽粒长度，以及推定的候选基因，可能会影响籽粒长度的野生大麦。vulgare ssp. vulgare）和长粒野生大麦基因型Awcs 276（大麦亚种H.vulgare ssp. spontaneum）在一个地点进行了为期三年的评价。利用1,832个全基因组多样性阵列技术（DArT）标记构建了一张高密度遗传连锁图，总跨度为927.07 cM，平均间隔约为0.49 cM。在不同环境下检测到两个控制粒长的主效QTL LEN-3 H和LEN-4 H，并在Fleet（H. vulgare ssp. vulgare）和awcs 276.此外，通过对公开数据库的系统检索，确定了与LEN-3 H和LEN-4 H相关的4个候选基因和4类蛋白质。结论：LEN-3 H和LEN-4 H基因的研究为大麦基因组学研究和分子标记辅助选择奠定了基础，可用于大麦粒长改良育种。
Background:Kernel length is an important target trait in barley (Hordeum vulgare L.) breeding programs. However, the number of known quantitative trait loci (QTLs) controlling kernel length is limited. In the present study, we aimed to identify major QTLs for kernel length, as well as putative candidate genes that might influence kernel length in wild barley.Results:A recombinant inbred line (RIL) population derived from the barley cultivar Baudin (H. vulgare ssp. vulgare) and the long-kernel wild barley genotype Awcs276 (H.vulgare ssp. spontaneum) was evaluated at one location over three years. A high-density genetic linkage map was constructed using 1,832 genome-wide diversity array technology (DArT) markers, spanning a total of 927.07 cM with an average interval of approximately 0.49 cM. Two major QTLs for kernel length, LEN-3H and LEN-4H, were detected across environments and further validated in a second RIL population derived from Fleet (H. vulgare ssp. vulgare) and Awcs276. In addition, a systematic search of public databases identified four candidate genes and four categories of proteins related to LEN-3H and LEN-4H.Conclusions:This study establishes a fundamental research platform for genomic studies and marker-assisted selection, since LEN-3H and LEN-4H could be used for accelerating progress in barley breeding programs that aim to improve kernel length.
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