Simplitigs as an efficient and scalable representation of de Bruijn graphs.
Simplitigs as an efficient and scalable representation of de Bruijn graphs.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02297-z
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发表时间：
2021-04-06
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Kucherov G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Břinda K;Baym M;Kucherov G
德布鲁因图在生物信息学中发挥着至关重要的作用，但它们缺乏通用的可扩展表示。在这里，我们介绍简化作为一种紧凑、高效和可扩展的表示，以及ProphAsm，一种用于它们计算的快速算法。以模式生物和两个细菌泛基因组的组合为例，我们将简化序列与现有的最佳代表单位序列进行了比较，并证明简化序列在累积序列长度和数量上提供了实质性的改进。当与常用的Burrows-Wheeler Transform索引结合使用时，简化可以减少内存、索引加载和查询时间，如GenBank细菌泛基因组的大规模示例所示。在线版本包含补充材料，可在10.1186/s13059-021-02297-z获得。
de Bruijn graphs play an essential role in bioinformatics, yet they lack a universal scalable representation. Here, we introduce simplitigs as a compact, efficient, and scalable representation, and ProphAsm, a fast algorithm for their computation. For the example of assemblies of model organisms and two bacterial pan-genomes, we compare simplitigs to unitigs, the best existing representation, and demonstrate that simplitigs provide a substantial improvement in the cumulative sequence length and their number. When combined with the commonly used Burrows-Wheeler Transform index, simplitigs reduce memory, and index loading and query times, as demonstrated with large-scale examples of GenBank bacterial pan-genomes. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02297-z.
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影响因子：
16.6
作者：
Bradley P;Gordon NC;Walker TM;Dunn L;Heys S;Huang B;Earle S;Pankhurst LJ;Anson L;de Cesare M;Piazza P;Votintseva AA;Golubchik T;Wilson DJ;Wyllie DH;Diel R;Niemann S;Feuerriegel S;Kohl TA;Ismail N;Omar SV;Smith EG;Buck D;McVean G;Walker AS;Peto TE;Crook DW;Iqbal Z
通讯作者：
Iqbal Z
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt389
发表时间：
2013-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ames SK;Hysom DA;Gardner SN;Lloyd GS;Gokhale MB;Allen JE
通讯作者：
Allen JE
影响因子：
9.8
作者：
Croucher, Nicholas J.;Finkelstein, Jonathan A.;Hanage, William P.
通讯作者：
Hanage, William P.
影响因子：
28.3
作者：
Brinda, Karel;Callendrello, Alanna;Hanage, William P.
通讯作者：
Hanage, William P.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw279
发表时间：
2016-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chikhi R;Limasset A;Medvedev P
通讯作者：
Medvedev P