ProGeRF: proteome and genome repeat finder utilizing a fast parallel hash function.
ProGeRF: proteome and genome repeat finder utilizing a fast parallel hash function.
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Progerf：利用快速平行哈希函数的蛋白质组和基因组重复发现器。
DOI：
10.1155/2015/394157
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发表时间：
2015
影响因子：
--
通讯作者：
Bartholomeu DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lopes Rda S;Moraes WJ;Rodrigues Tde S;Bartholomeu DC
重复元素序列是相邻的重复图案，也称为基序，并且可以具有不同的长度；重复可以涉及它们的精确或近似副本。它们已被广泛用作群体生物学中的分子标记。考虑到测序基因组的大小，人们已经开发出各种生物信息学工具来从 DNA 序列中提取重复元素。然而，当前可用的工具不提供用于识别基因组或蛋白质组中的重复元素、显示用户友好的网络界面以及执行详尽搜索的选项。 ProGeRF 是一个从基因组和蛋白质组序列中提取重复区域的网站。它被设计为高效、快速、准确且主要是用户友好的网络工具，允许多种方式查看和分析结果。 ProGeRF（蛋白质组和基因组重复查找器）作为独立程序免费提供（用户可以从中下载源代码），也作为网络工具免费提供。它是使用哈希表方法开发的，用于提取（多）FASTA 文件中的完美和不完美的重复区域，同时允许线性时间复杂度。
Repetitive element sequences are adjacent, repeating patterns, also called motifs, and can be of different lengths; repetitions can involve their exact or approximate copies. They have been widely used as molecular markers in population biology. Given the sizes of sequenced genomes, various bioinformatics tools have been developed for the extraction of repetitive elements from DNA sequences. However, currently available tools do not provide options for identifying repetitive elements in the genome or proteome, displaying a user-friendly web interface, and performing-exhaustive searches. ProGeRF is a web site for extracting repetitive regions from genome and proteome sequences. It was designed to be efficient, fast, and accurate and primarily user-friendly web tool allowing many ways to view and analyse the results. ProGeRF (Proteome and Genome Repeat Finder) is freely available as a stand-alone program, from which the users can download the source code, and as a web tool. It was developed using the hash table approach to extract perfect and imperfect repetitive regions in a (multi)FASTA file, while allowing a linear time complexity.
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