Folding and thermodynamic studies of Trp-cage based on polarized force field
Folding and thermodynamic studies of Trp-cage based on polarized force field
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基于极化力场的Trp-cage折叠及热力学研究
DOI：
10.1007/s00214-012-1168-0
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发表时间：
2012-03
影响因子：
1.7
通讯作者：
Zhang, Dawei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yip, Yew Mun;Ho, Chun Ying;Zhang, John Z. H.;Zhang, Dawei
利用两个复制交换分子动力学（REMD）模拟研究了基于新建立的极化蛋白特异性电荷（PPC）的20个残基色氨酸笼折叠的热力学。从一个完全扩展的构象开始，使用基于3步PPC更新的REMD成功采样了Trp-cage原生构象。然后，将得到的Trp-cage折叠构象用于计算PPC，并进行另一次REMD来探索Trp-cage的热力学稳定性。理论熔点Tmof≈325 K与实验熔点Tmof 315 K基本一致。这表明PPC正确地预测了温度依赖性。目前的研究提供了静电极化如何影响蛋白质折叠的直接证据。
Two replica exchange molecular dynamics (REMD) simulations were carried out to study the thermodynamics of a 20-residue Trp-cage folding based on a newly developed polarized protein-specific charge (PPC). Starting from a fully extended conformation, Trp-cage native conformation was successfully sampled using REMD based on a 3-step PPC update. Next, the obtained Trp-cage folded conformation was then used to calculate the PPC in which another REMD was performed to explore the thermodynamic stability of Trp-cage. The theoretical melting temperatureTmof ≈325 K was found to be in close agreement with experimental melting temperature,Tmof 315 K. This indicates that the PPC was correctly predicting the temperature dependence. The current study provides a direct proof of how electrostatic polarization affects protein folding.
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影响因子：
3.3
作者：
Zheng, Weihua;Gallicchio, Emilio;Deng, Nanjie;Andrec, Michael;Levy, Ronald M.
通讯作者：
Levy, Ronald M.
影响因子：
2.8
作者：
Hansmann, UHE
通讯作者：
Hansmann, UHE
DOI：
10.1021/jp045109y
发表时间：
2005-01
期刊：
The journal of physical chemistry. A
影响因子：
--
作者：
Y. Mei;Da W. Zhang;J. Z. Zhang
通讯作者：
Y. Mei;Da W. Zhang;J. Z. Zhang
影响因子：
6.8
作者：
J. McCammon;P. Wolynes
通讯作者：
J. McCammon;P. Wolynes
DOI：
10.1073/pnas.1330954100
发表时间：
2003-06-24
影响因子：
11.1
作者：
Pitera, JW;Swope, W
通讯作者：
Swope, W