benchdamic: benchmarking of differential abundance methods for microbiome data.
benchdamic: benchmarking of differential abundance methods for microbiome data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac778
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发表时间：
2023-01-01
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最近，已经提出了越来越多的方法来解决宏基因组学和微生物组数据的复杂性。在这种情况下，可重复性和可复制性已成为两个关键问题，并为这些方法的比较评估的计算框架的发展是至关重要的。在这里，我们提出了benchdamic，一个Bioconductor包的基准方法，用于识别差异丰富的类群。 benchdamic是一个开源的R包，可以通过Bioconductor项目在https://bioconductor.org/packages/benchdamic/上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Recently, an increasing number of methodological approaches have been proposed to tackle the complexity of metagenomics and microbiome data. In this scenario, reproducibility and replicability have become two critical issues, and the development of computational frameworks for the comparative evaluations of such methods is of utmost importance. Here, we present benchdamic, a Bioconductor package to benchmark methods for the identification of differentially abundant taxa. benchdamic is available as an open-source R package through the Bioconductor project at https://bioconductor.org/packages/benchdamic/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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