Emerging methods for ensemble-based virtual screening.
Emerging methods for ensemble-based virtual screening.
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DOI：
10.2174/156802610790232279
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发表时间：
2010
影响因子：
3.4
通讯作者：
Li WW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amaro RE;Li WW
基于构象的虚拟筛选是指使用来自晶体结构、NMR研究或分子动力学模拟的构象集合。随着理论框架、计算算法和软件包的进步，它已经获得了更大的认可，使模拟能够在更长的时间尺度上进行。在这里，我们专注于使用计算生成的构象合奏和新兴的方法，使用这些合奏的发现，如放松复杂的计划或动态药效团模型。我们还讨论了更严格的物理为基础的计算技术，如加速分子动力学和热力学积分及其应用，在提高构象采样或虚拟筛选命中的排名。最后，技术进步，将有助于使虚拟筛选工具更容易获得更广泛的受众在计算机辅助药物设计进行了讨论。
Ensemble based virtual screening refers to the use of conformational ensembles from crystal structures, NMR studies or molecular dynamics simulations. It has gained greater acceptance as advances in the theoretical framework, computational algorithms, and software packages enable simulations at longer time scales. Here we focus on the use of computationally generated conformational ensembles and emerging methods that use these ensembles for discovery, such as the Relaxed Complex Scheme or Dynamic Pharmacophore Model. We also discuss the more rigorous physics-based computational techniques such as accelerated molecular dynamics and thermodynamic integration and their applications in improving conformational sampling or the ranking of virtual screening hits. Finally, technological advances that will help make virtual screening tools more accessible to a wider audience in computer aided drug design are discussed.
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影响因子：
3.8
作者：
Amaro RE;Swift RV;McCammon JA
通讯作者：
McCammon JA
影响因子：
15
作者：
Amaro RE;Cheng X;Ivanov I;Xu D;McCammon JA
通讯作者：
McCammon JA
影响因子：
5.6
作者：
Chang, Max W.;Lindstrom, William;Belew, Richard K.
通讯作者：
Belew, Richard K.
DOI：
10.1093/protein/12.4.271
发表时间：
1999-04-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Betts, MJ;Sternberg, MJE
通讯作者：
Sternberg, MJE
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M