不同浓度Cd~(2+)胁迫下烟草实时荧光定量PCR内参基因的筛选
不同浓度Cd~(2+)胁迫下烟草实时荧光定量PCR内参基因的筛选
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DOI：
10.3969/j.issn.2095-1191.2019.10.01
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
辛翠花
中科院分区：
文献类型：
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作者：
池俊玲;赵一博;郭江波;张龙;刘汉阳;辛翠花
【目的】筛选出镉(Cd)胁迫下烟草的最佳内参基因,为后续研究与Cd~(2+)相关的功能性基因提供理论依据。 【方法】分别以0、250和500 mg/L氯化镉(CdCl_2)溶液对本生烟草进行胁迫处理,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测不同浓度Cd~(2+)胁迫处理下肌动蛋白基因(ACT)、微管蛋白基因(TUB)、蛋白磷酸酶2基因(PP2A)、18S rRNA、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)及转录延伸因子基因(EF1a)6个候选内参基因的表达情况,并利用geNorm和Norm- Finder综合评价Ct各内参基因表达的稳定性。【结果】以不同浓度Cd~(2+)胁迫处理的本生烟草cDNA为模板均可PCR扩增出ACT、TUB、18S rRNA、PP2A、GAPDH和EF1a等6个内参基因。6个内参基因的qRT-PCR扩增曲线走势正常,平行性好,无引物二聚体和非特异性条带产生,且绘制的标准曲线上各点基本分布在一条直线上,扩增效率在要求范围(90.00%~105.00%)之内,符合下一步评价要求,且斜率的回归系数(R~2)>0.9800,说明线性关系较好。GAPDH和EF1a基因的表达丰度较高,18S rRNA处于中等水平,ACT、TUB和PP2A基因的表达丰度较低。geNorm分析结果显示,6个内参基因的表达稳定性排序为EF1a基因>GAPDH基因>ACT基因>TUB基因>PP2A基因>18S rRNA;Norm- Finder分析结果显示,6个内参基因的表达稳定性排序为EF1a基因>TUB基因>GAPDH基因=PP2A基因>ACT基因> 18S rRNA。【结论】EF1a基因在不同浓度Cd~(2+)胁迫处理下表达水平较高,稳定性最好,可作为Cd胁迫下本生烟草的最佳内参基因。