BNDB - the Biochemical Network Database.
BNDB - the Biochemical Network Database.
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DOI：
10.1186/1471-2105-8-367
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发表时间：
2007-10-02
影响因子：
3
通讯作者：
Lenhof HP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Küntzer J;Backes C;Blum T;Gerasch A;Kaufmann M;Kohlbacher O;Lenhof HP
高通量技术和高效数据采集方法的技术进步产生了大量的生命科学数据。这些数据存储在过去几十年建立的众多数据库中，是当今科学家的重要资源。然而，数据库和底层数据模型的多样性使得很难结合这些信息来解决系统生物学中的复杂问题。目前，研究人员通常必须浏览几个通常高度集中的数据库才能获取所需的信息。因此，迫切需要更有效的系统来集成、分析和解释这些数据。数据库的标准化和虚拟整合是一个重大挑战，导致对各种数据源的统一访问。我们推出了生化网络数据库（BNDB），这是一个强大的关系数据库平台，允许对大量外部数据库进行完整的语义集成。 BNDB 建立在名为 BioCore 的全面且可扩展的对象模型之上，该模型功能强大，足以对大多数已知的生化过程进行建模，同时易于扩展以适应新的生物学概念。除了用于搜索和管理数据的 Web 界面之外，基于 Java 的查看器 (BiNA) 还提供强大的独立于平台的数据可视化和导航。 BiNA 使用复杂的图形布局算法来实现 BNDB 的交互式可视化和导航。 BNDB 允许简单、统一地访问各种外部数据源。它与生化网络库 BN++ 的紧密集成提供了数据导入、集成、分析和可视化的可能性。 BNDB 可通过以下网址免费访问。
Technological advances in high-throughput techniques and efficient data acquisition methods have resulted in a massive amount of life science data. The data is stored in numerous databases that have been established over the last decades and are essential resources for scientists nowadays. However, the diversity of the databases and the underlying data models make it difficult to combine this information for solving complex problems in systems biology. Currently, researchers typically have to browse several, often highly focused, databases to obtain the required information. Hence, there is a pressing need for more efficient systems for integrating, analyzing, and interpreting these data. The standardization and virtual consolidation of the databases is a major challenge resulting in a unified access to a variety of data sources. We present the Biochemical Network Database (BNDB), a powerful relational database platform, allowing a complete semantic integration of an extensive collection of external databases. BNDB is built upon a comprehensive and extensible object model called BioCore, which is powerful enough to model most known biochemical processes and at the same time easily extensible to be adapted to new biological concepts. Besides a web interface for the search and curation of the data, a Java-based viewer (BiNA) provides a powerful platform-independent visualization and navigation of the data. BiNA uses sophisticated graph layout algorithms for an interactive visualization and navigation of BNDB. BNDB allows a simple, unified access to a variety of external data sources. Its tight integration with the biochemical network library BN++ offers the possibility for import, integration, analysis, and visualization of the data. BNDB is freely accessible at .
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