Side-Chain Conformational Preferences Govern Protein-Protein Interactions.
Side-Chain Conformational Preferences Govern Protein-Protein Interactions.
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DOI：
10.1021/jacs.6b04892
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发表时间：
2016-08-24
影响因子：
15
通讯作者：
Arora PS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Watkins AM;Bonneau R;Arora PS
蛋白质二级结构作为几何约束的支架，用于在蛋白质界面展示关键的相互作用残基。鉴于二级结构在蛋白质折叠中的关键作用以及折叠倾向对骨架二面角的依赖性，预期二级结构会影响对复合物形成重要的残基的身份。与此相反，我们发现，一个狭窄的一组残基占主导地位的结合能在蛋白质-蛋白质复合物的骨架构象无关。这一发现表明，结合表位可能反而受到所采用的侧链构象的显著影响。我们分析了侧链的构象偏好的残基，有助于显着结合。该分析表明，优选的旋转异构体直接有助于蛋白质复合物形成的特异性，并提供了拟肽抑制剂设计的指导方针。
Protein secondary structures serve as geometrically constrained scaffolds for the display of key interacting residues at protein interfaces. Given the critical role of secondary structures in protein folding and the dependence of folding propensities on backbone dihedrals, secondary structure is expected to influence the identity of residues that are important for complex formation. Counter to this expectation, we find that a narrow set of residues dominates the binding energy in protein–protein complexes independent of backbone conformation. This finding suggests that the binding epitope may instead be substantially influenced by the side-chain conformations adopted. We analyzed side-chain conformational preferences in residues that contribute significantly to binding. This analysis suggests that preferred rotamers contribute directly to specificity in protein complex formation and provides guidelines for peptidomimetic inhibitor design.
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影响因子：
2.9
作者：
Guharoy, Mainak;Janin, Joel;Robert, Charles H.
通讯作者：
Robert, Charles H.
影响因子：
3.7
作者：
Raveh B;London N;Zimmerman L;Schueler-Furman O
通讯作者：
Schueler-Furman O
影响因子：
--
作者：
Arkin MR;Tang Y;Wells JA
通讯作者：
Wells JA
影响因子：
2.9
作者：
Hintze BJ;Lewis SM;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts395
发表时间：
2012-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gaudreault F;Chartier M;Najmanovich R
通讯作者：
Najmanovich R