RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs.
RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty609
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发表时间：
2019-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Szachniuk M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antczak M;Zablocki M;Zok T;Rybarczyk A;Blazewicz J;Szachniuk M
在 3D RNA 结构的研究中，有关核碱基之间的非规范相互作用的信息变得越来越重要。专业数据库支持基于实验数据对此问题的研究，并且多个程序可以注释 RNA 3D 结构中的非规范碱基对。然而，预测描述规范和非规范相互作用的扩展 RNA 二级结构仍然很困难。在这里，我们提出了 RNAvista，它允许从序列或仅枚举规范碱基对的列表中预测扩展的 RNA 二级结构。 RNAvista 被实现为具有用户友好界面的公共网络服务器。它可以在所有主要网络浏览器上运行。 http://rnavista.cs.put.poznan.pl
In the study of 3D RNA structure, information about non-canonical interactions between nucleobases is increasingly important. Specialized databases support investigation of this issue based on experimental data, and several programs can annotate non-canonical base pairs in the RNA 3D structure. However, predicting the extended RNA secondary structure which describes both canonical and non-canonical interactions remains difficult. Here, we present RNAvista that allows predicting an extended RNA secondary structure from sequence or from the list enumerating canonical base pairs only. RNAvista is implemented as a publicly available webserver with user-friendly interface. It runs on all major web browsers. http://rnavista.cs.put.poznan.pl
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr215
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sato K;Kato Y;Hamada M;Akutsu T;Asai K
通讯作者：
Asai K
影响因子：
3
作者：
Rybarczyk A;Szostak N;Antczak M;Zok T;Popenda M;Adamiak R;Blazewicz J;Szachniuk M
通讯作者：
Szachniuk M
影响因子：
1.7
作者：
Zakov, Shay;Goldberg, Yoav;Ziv-Ukelson, Michal
通讯作者：
Ziv-Ukelson, Michal
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
影响因子：
64.8
作者：
Parisien, Marc;Major, Francois
通讯作者：
Major, Francois