Advancing mite phylogenomics: Designing ultraconserved elements for Acari phylogeny
Advancing mite phylogenomics: Designing ultraconserved elements for Acari phylogeny
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推进螨系统发育学：设计螨系统发育的超保守元素
DOI：
10.1111/1755-0998.12962
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发表时间：
2019
影响因子：
7.7
通讯作者：
Esposito, Lauren
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Dam, Matthew H.;Trautwein, Michelle;Spicer, Greg S.;Esposito, Lauren
螨（阿卡里）是地球上最多样化的生命群体之一;然而，人们对它们的进化关系知之甚少。此外，解决更广泛的蛛形纲动物的寄生性已被螨的多样性在寄生性基因组分析的代表性不足。为了进一步了解阿卡里的进化，我们设计了有针对性的超保守基因组元件（UCEs）探针，旨在解决螨谱系和密切相关的蛛形纲动物之间的复杂关系。然后，我们通过使用13个现有的阿卡里基因组以及来自各种基因组来源的6个额外的分类群构建一个基因组，在计算机上测试我们的阿卡里UCE诱饵。我们的阿卡里特异性探针试剂盒与现有的一般蛛形纲动物UCE探针组相比，提高了螨内位点的回收率。我们最初的系统发育恢复了主要的螨谱系，但发现螨总体上是非单系的，Opiliones（收割者）和Ricinuleidae（带帽蜱蜘蛛）使寄生虫形目并系。
Mites (Acari) are one of the most diverse groups of life on Earth; yet, their evolutionary relationships are poorly understood. Also, the resolution of broader arachnid phylogeny has been hindered by an underrepresentation of mite diversity in phylogenomic analyses. To further our understanding of Acari evolution, we design targeted ultraconserved genomic elements (UCEs) probes, intended for resolving the complex relationships between mite lineages and closely related arachnids. We then test our Acari UCE baits in‐silico by constructing a phylogeny using 13 existing Acari genomes, as well as 6 additional taxa from a variety of genomic sources. Our Acari‐specific probe kit improves the recovery of loci within mites over an existing general arachnid UCE probe set. Our initial phylogeny recovers the major mite lineages, yet finds mites to be non‐monophyletic overall, with Opiliones (harvestmen) and Ricinuleidae (hooded tickspiders) rendering Parasitiformes paraphyletic.
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