Targeted deletion of 5′HS2 enhancer of β-globin locus control region in K562 cells
Targeted deletion of 5′HS2 enhancer of β-globin locus control region in K562 cells
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K562 细胞中 β 珠蛋白位点控制区的 5-HS2 增强子的靶向删除
DOI：
10.16288/j.yczz.22-201
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
吴强
中科院分区：
文献类型：
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作者：
陈秀丽;黄海燕;吴强
人类β-地中海贫血的发病机制与β-样珠蛋白基因异常表达息息相关。人类β-样珠蛋白基因以5'-ε-Gγ-Aγ-δ-β-3'的顺序排列于β-珠蛋白基因座,受5'LCR(locus control region)中5个超敏位点(hypersensitive site, HS)5'HS5~5'HS1和3'HS1调控。其中5'HS2是最重要的增强子,能产生增强子RNA(enhancer RNA)并调控ε-globin、γ-globin和β-globin的表达。为了进一步探究K562细胞中增强子5'HS2的功能,本研究首先通过染色质构象捕获技术在人慢性髓原白血病K562细胞中探测到5'HS2介导的染色质相互作用集中在以包含CTCF(CCCTC-binding factor)位点的3'HS1和5'HS5为边界的拓扑结构域中,5'HS2在三维空间上与HBE1、HBG2和HBG1启动子区域相互靠近。其次运用CRISPR DNA片段编辑技术在K562细胞系中删除了增强子5'HS2。最后通过RNA-seq和CUT&Tag(cleavage under target & tagmentation)实验分析两个5'HS2删除的单克隆细胞系的转录组和染色质H3K27ac组蛋白修饰,发现91个基因表达显著下调而且其启动子区的H3K27ac修饰程度显著降低。这些基因主要聚类于氧气运输、免疫应答、细胞粘附、抗氧化和维持血栓形成等与红细胞功能相关的生物过程中,表明K562细胞系中增强子5'HS2对红细胞功能相关基因的转录产生了广泛影响。