Asymptotic distribution of motifs in a stochastic context-free grammar model of RNA folding.
Asymptotic distribution of motifs in a stochastic context-free grammar model of RNA folding.
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DOI：
10.1007/s00285-013-0750-y
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发表时间：
2014-12
影响因子：
1.9
通讯作者：
Heitsch, Christine E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Poznanovic, Svetlana;Heitsch, Christine E.
我们分析了预测程序Pold中使用的Knudsen-Hein随机上下文无关文法给出的RNA二级结构的分布。我们的主要定理给出了这些主题的预期数量之间的关系-独立于语法概率。这些关系是证明在这个RNA折叠模型中碱基对、螺旋和不同类型环的分布是不对称高斯的结果。证明技术使用概率母函数的奇异性分析。我们还证明，这些渐近结果很好地捕捉到了天然核糖体结构中预期的RNA碱基对数量，以及它们预测的二级结构的某些其他方面。特别是，我们发现预测的结构基本上满足预期的关系，尽管自然结构不满足。
We analyze the distribution of RNA secondary structures given by the Knudsen-Hein stochastic context-free grammar used in the prediction program Pfold. Our main theorem gives relations between the expected number of these motifs — independent of the grammar probabilities. These relations are a consequence of proving that the distibution of base pairs, of helices, and of different types of loops is asympotically Gaussian in this model of RNA folding. Proof techniques use singularity analysis of probability generating functions. We also demonstrate that these asymptotic results capture well the expected number of RNA base pairs in native ribosomal structures, and certain other aspects of their predicted secondary structures. In particular, we find that the predicted structures largely satisfy the expected relations, although the native structures do not.
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