Accelerating molecular dynamic simulation on graphics processing units.
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DOI：
10.1002/jcc.21209
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发表时间：
2009-04-30
影响因子：
3
通讯作者：
Pande, Vijay S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Friedrichs, Mark S.;Eastman, Peter;Vaidyanathan, Vishal;Houston, Mike;Legrand, Scott;Beberg, Adam L.;Ensign, Daniel L.;Bruns, Christopher M.;Pande, Vijay S.
我们描述了一个完全运行在图形处理单元(GPU)上的全原子蛋白质分子动力学的完整实现，包括所有标准力场项、积分、约束和隐含溶剂。我们讨论了我们的算法的设计和充分利用GPU所需的重要优化。我们评估了它的性能，结果表明，它可以比在单CPU核上运行的传统实现快700倍以上。
We describe a complete implementation of all-atom protein molecular dynamics running entirely on a graphics processing unit (GPU), including all standard force field terms, integration, constraints, and implicit solvent. We discuss the design of our algorithms and important optimizations needed to fully take advantage of a GPU. We evaluate its performance, and show that it can be more than 700 times faster than a conventional implementation running on a single CPU core.
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