Characterisation of HOIP RBR E3 ligase conformational dynamics using integrative modelling.
Characterisation of HOIP RBR E3 ligase conformational dynamics using integrative modelling.
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DOI：
10.1038/s41598-022-18890-6
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发表时间：
2022-09-08
影响因子：
4.6
通讯作者：
Fraternali, Franca
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kausas, Marius;Esposito, Diego;Rittinger, Katrin;Fraternali, Franca
由柔性连接体连接的单个结构域组成的多结构域蛋白质由于其固有的构象动力学特性，对结构研究提出了挑战。综合建模方法提供了一种方法，通过结合实验测量与分子模拟来表征蛋白质的灵活性。在这项研究中，我们描述了E3泛素连接酶HOIP的催化RBR结构域的构象动力学，它调节免疫和炎症信号通路。具体来说，我们结合小角度x射线散射实验和分子动力学模拟，使用基于最大简约和最大熵原理的两种不同方法来生成HOIP RBR域的加权构象集合。这两种方法都提供了优化的集成，有助于合理化基于sax的解决方案研究和可用晶体结构之间观察到的差异，并强调了域间链接器灵活性的重要性。
Multidomain proteins composed of individual domains connected by flexible linkers pose a challenge for structural studies due to their intrinsic conformational dynamics. Integrated modelling approaches provide a means to characterise protein flexibility by combining experimental measurements with molecular simulations. In this study, we characterise the conformational dynamics of the catalytic RBR domain of the E3 ubiquitin ligase HOIP, which regulates immune and inflammatory signalling pathways. Specifically, we combine small angle X-ray scattering experiments and molecular dynamics simulations to generate weighted conformational ensembles of the HOIP RBR domain using two different approaches based on maximum parsimony and maximum entropy principles. Both methods provide optimised ensembles that are instrumental in rationalising observed differences between SAXS-based solution studies and available crystal structures and highlight the importance of interdomain linker flexibility.
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影响因子：
5.5
作者：
Melvin RL;Godwin RC;Xiao J;Thompson WG;Berenhaut KS;Salsbury FR Jr
通讯作者：
Salsbury FR Jr
影响因子：
5.5
作者：
Bowerman, Samuel;Rana, Ambar S. J. B.;Wereszczynski, Jeff
通讯作者：
Wereszczynski, Jeff
影响因子：
4.6
作者：
Martino, Luigi;Brown, Nicholas R.;Rittinger, Katrin
通讯作者：
Rittinger, Katrin
影响因子：
64.8
作者：
Ikeda, Fumiyo;Deribe, Yonathan Lissanu;Skanland, Sigrid S.;Stieglitz, Benjamin;Grabbe, Caroline;Franz-Wachtel, Mirita;van Wijk, Sjoerd J. L.;Goswami, Panchali;Nagy, Vanja;Terzic, Janos;Tokunaga, Fuminori;Androulidaki, Ariadne;Nakagawa, Tomoko;Pasparakis, Manolis;Iwai, Kazuhiro;Sundberg, John P.;Schaefer, Liliana;Rittinger, Katrin;Macek, Boris;Dikic, Ivan
通讯作者：
Dikic, Ivan
影响因子：
64.8
作者：
Lechtenberg BC;Rajput A;Sanishvili R;Dobaczewska MK;Ware CF;Mace PD;Riedl SJ
通讯作者：
Riedl SJ