trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses.
trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
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发表时间：
2009-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gabaldón T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
多序列比对是生物信息学许多领域的核心。已经表明，从比对中去除对齐不良的区域提高了后续分析的质量。在处理数千个比对的大规模系统发育分析中，这样的比对修剪阶段是复杂的。在这里，我们提出了trimAl，自动对齐修剪，这是特别适合于大规模的系统发育分析的工具。trimAl可以单独或以多种组合考虑若干参数，用于选择比对中最可靠的位置。这些包括具有缺口的序列的比例、氨基酸相似性的水平，以及如果提供了同一组序列的几个比对，则不同比对之间的一致性水平。此外，trimAl可以自动选择在每个特定比对中使用的参数，从而优化信噪比。可用性：trimAl是用C++编写的，可以移植到所有平台。trimAl可免费下载（http：trimal.cgenomics.org），并可通过Phylemon网络服务器（http：//phylemon2.bioinfo.cipf.es/）在线使用。补充材料可在http://trimal.cgenomics.org/publications上获得。联系方式：tgabaldon@crg.es
Summary: Multiple sequence alignments are central to many areas of bioinformatics. It has been shown that the removal of poorly aligned regions from an alignment increases the quality of subsequent analyses. Such an alignment trimming phase is complicated in large-scale phylogenetic analyses that deal with thousands of alignments. Here, we present trimAl, a tool for automated alignment trimming, which is especially suited for large-scale phylogenetic analyses. trimAl can consider several parameters, alone or in multiple combinations, for selecting the most reliable positions in the alignment. These include the proportion of sequences with a gap, the level of amino acid similarity and, if several alignments for the same set of sequences are provided, the level of consistency across different alignments. Moreover, trimAl can automatically select the parameters to be used in each specific alignment so that the signal-to-noise ratio is optimized. Availability: trimAl has been written in C++, it is portable to all platforms. trimAl is freely available for download (http://trimal.cgenomics.org) and can be used online through the Phylemon web server (http://phylemon2.bioinfo.cipf.es/). Supplementary Material is available at http://trimal.cgenomics.org/publications. Contact: tgabaldon@crg.es
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