Finished bacterial genomes from shotgun sequence data.
Finished bacterial genomes from shotgun sequence data.
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DOI：
10.1101/gr.141515.112
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发表时间：
2012-11
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Jaffe DB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ribeiro FJ;Przybylski D;Yin S;Sharpe T;Gnerre S;Abouelleil A;Berlin AM;Montmayeur A;Shea TP;Walker BJ;Young SK;Russ C;Nusbaum C;MacCallum I;Jaffe DB
异常精确的基因组参考序列已被证明对微生物研究人员具有重要价值。因此，到目前为止，大约1800个细菌基因组组装已经在人工实验室和计算过程的帮助下以巨大的成本“完成”，这些人工实验室和计算过程通常需要数月甚至数年的时间。通过应用一个新的实验室设计和新的组装算法，16个样品，我们证明，超过成品质量的组件可以从全基因组鸟枪数据和自动计算。因此，成本和时间要求大大降低。
Exceptionally accurate genome reference sequences have proven to be of great value to microbial researchers. Thus, to date, about 1800 bacterial genome assemblies have been “finished” at great expense with the aid of manual laboratory and computational processes that typically iterate over a period of months or even years. By applying a new laboratory design and new assembly algorithm to 16 samples, we demonstrate that assemblies exceeding finished quality can be obtained from whole-genome shotgun data and automated computation. Cost and time requirements are thus dramatically reduced.
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影响因子：
3.7
作者：
Chapman JA;Ho I;Sunkara S;Luo S;Schroth GP;Rokhsar DS
通讯作者：
Rokhsar DS
影响因子：
7
作者：
Chaisson, Mark J.;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
DOI：
10.1126/science.1182395
发表时间：
2010-01-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harris SR;Feil EJ;Holden MT;Quail MA;Nickerson EK;Chantratita N;Gardete S;Tavares A;Day N;Lindsay JA;Edgeworth JD;de Lencastre H;Parkhill J;Peacock SJ;Bentley SD
通讯作者：
Bentley SD
DOI：
10.1126/science.1180614
发表时间：
2009-10-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chain PS;Grafham DV;Fulton RS;Fitzgerald MG;Hostetler J;Muzny D;Ali J;Birren B;Bruce DC;Buhay C;Cole JR;Ding Y;Dugan S;Field D;Garrity GM;Gibbs R;Graves T;Han CS;Harrison SH;Highlander S;Hugenholtz P;Khouri HM;Kodira CD;Kolker E;Kyrpides NC;Lang D;Lapidus A;Malfatti SA;Markowitz V;Metha T;Nelson KE;Parkhill J;Pitluck S;Qin X;Read TD;Schmutz J;Sozhamannan S;Sterk P;Strausberg RL;Sutton G;Thomson NR;Tiedje JM;Weinstock G;Wollam A;Genomic Standards Consortium Human Microbiome Project Jumpstart Consortium;Detter JC
通讯作者：
Detter JC
影响因子：
56.9
作者：
Eid, John;Fehr, Adrian;Turner, Stephen
通讯作者：
Turner, Stephen