pKNOT: the protein KNOT web server.
pKNOT: the protein KNOT web server.
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DOI：
10.1093/nar/gkm304
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hwang JK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lai YL;Yen SC;Yu SH;Hwang JK
近年来，由于蛋白质数据库（PDB）中结构数量的巨大增长，结蛋白被更普遍地观察到。研究表明，结区对配体结合和蛋白质中的酶活性都有贡献，如光敏色素、酮酸还原异构酶或SpoU甲基转移酶的发色团结合域。然而，由于缺乏方便的网络工具可供一般生物学家使用，在文献中仍有许多错误识别的结。在这里，我们提出了第一个检测蛋白质中结的web服务器，并提供了pdb中结蛋白的信息-蛋白质结（pKNOT） web服务器。在pKNOT中，用户既可以输入PDB ID，也可以上传PDB格式的蛋白质坐标。pKNOT网络服务器将使用泰勒平滑算法检测蛋白质中的结。所有检测到的结都可以使用基于java的3D图形查看器进行视觉检查。我们相信pKNOT web服务器对一般的生物学家和结构生物学家都很有用。
Knotted proteins are more commonly observed in recent years due to the enormously growing number of structures in the Protein Data Bank (PDB). Studies show that the knot regions contribute to both ligand binding and enzyme activity in proteins such as the chromophore-binding domain of phytochrome, ketol–acid reductoisomerase or SpoU methyltransferase. However, there are still many misidentified knots published in the literature due to the absence of a convenient web tool available to the general biologists. Here, we present the first web server to detect the knots in proteins as well as provide information on knotted proteins in PDB—the protein KNOT (pKNOT) web server. In pKNOT, users can either input PDB ID or upload protein coordinates in the PDB format. The pKNOT web server will detect the knots in the protein using the Taylor's smoothing algorithm. All the detected knots can be visually inspected using a Java-based 3D graphics viewer. We believe that the pKNOT web server will be useful to both biologists in general and structural biologists in particular.
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影响因子：
5.6
作者：
Mallam, AL;Jackson, SE
通讯作者：
Jackson, SE
DOI：
10.1038/nsb861
发表时间：
2002-11-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Jacobs, SA;Harp, JM;Khorasanizadeh, S
通讯作者：
Khorasanizadeh, S
影响因子：
64.8
作者：
Van Petegem, F;Clark, KA;Minor, DL
通讯作者：
Minor, DL
影响因子：
4.8
作者：
Misaghi, S;Galardy, PJ;Gaudet, R
通讯作者：
Gaudet, R
影响因子：
8
作者：
Tyagi, R;Duquerroy, S;Duggleby, RG
通讯作者：
Duggleby, RG