KINARI-Web: a server for protein rigidity analysis.
KINARI-Web: a server for protein rigidity analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkr482
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Streinu I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fox N;Jagodzinski F;Li Y;Streinu I
KINARI-Web是一个交互式Web服务器，用于进行刚性分析和可视化探索蛋白质的刚性特性。它还提供了用于预处理输入数据的工具，例如从PDB文件中选择相关链，添加氢原子和识别稳定相互作用。KINARI-Web为初学者提供了一个快速启动选项，并为有经验的用户提供了高度可定制的功能。可以选择、删除或添加链、残基或原子以及稳定约束，用户可以指定在刚性分析期间应如何对不同的化学相互作用进行建模。增强的基于Jmol的可视化工具允许放大，突出显示或研究分子结构的不同计算刚性属性。KINARI-Web可在http://kinari.cs.umass.edu上免费获取。
KINARI-Web is an interactive web server for performing rigidity analysis and visually exploring rigidity properties of proteins. It also provides tools for pre-processing the input data, such as selecting relevant chains from PDB files, adding hydrogen atoms and identifying stabilizing interactions. KINARI-Web offers a quick-start option for beginners, and highly customizable features for the experienced user. Chains, residues or atoms, as well as stabilizing constraints can be selected, removed or added, and the user can designate how different chemical interactions should be modeled during rigidity analysis. The enhanced Jmol-based visualizer allows for zooming in, highlighting or investigating different calculated rigidity properties of a molecular structure. KINARI-Web is freely available at http://kinari.cs.umass.edu.
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影响因子：
2.9
作者：
Thorpe, MF;Lei, M;Kuhn, LA
通讯作者：
Kuhn, LA
DOI：
10.1073/pnas.062492699
发表时间：
2002-03-19
影响因子：
11.1
作者：
Rader, AJ;Hespenheide, BM;Thorpe, MF
通讯作者：
Thorpe, MF
影响因子：
2.9
作者：
Hespenheide, BM;Rader, AJ;Kuhn, LA
通讯作者：
Kuhn, LA
影响因子：
5.6
作者：
MCDONALD, IK;THORNTON, JM
通讯作者：
THORNTON, JM
影响因子：
4.9
作者：
IMTIAZ, U;MANAVATHU, EK;MOBASHERY, S
通讯作者：
MOBASHERY, S