DDBJ progress report
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DOI：
10.1093/nar/gkq1041
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发表时间：
2011-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nakamura, Yasukazu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kaminuma, Eli;Kosuge, Takehide;Nakamura, Yasukazu
日本DNA数据库（DDBJ，http://www.ddbj.nig.ac.jp）提供了一个核苷酸序列存档数据库以及随附的数据库工具，用于序列提交，输入检索和注释分析。 DDBJ在2009年7月至2010年6月之间收集并发布了3 637 446条目/2 272 231 889基地。发布的数据的亮点是来自日本稻米品种的下一代测序读物的档案数据集，由国家农业生物学研究所提交的日本稻米品种，koshihikari科学。在此期间，我们启动了一个新的定量基因组数据档案，即DDBJ OMICS档案（DOR）。 DOR从微阵列和高通量新测序平台中存储定量数据。此外，我们改善了DDBJ专利序列的内容，发布了DDBJ序列读取存档（DRA）的新提交工具，该工具对大量的原始测序读取，并通过测序读取基于云计算的分析系统，DDBJ读取注释。管道。在本文中，我们描述了DDBJ数据库和支持工具的这些新功能。
The DNA Data Bank of Japan (DDBJ, http://www.ddbj.nig.ac.jp) provides a nucleotide sequence archive database and accompanying database tools for sequence submission, entry retrieval and annotation analysis. The DDBJ collected and released 3 637 446 entries/2 272 231 889 bases between July 2009 and June 2010. A highlight of the released data was archive datasets from next-generation sequencing reads of Japanese rice cultivar, Koshihikari submitted by the National Institute of Agrobiological Sciences. In this period, we started a new archive for quantitative genomics data, the DDBJ Omics aRchive (DOR). The DOR stores quantitative data both from the microarray and high-throughput new sequencing platforms. Moreover, we improved the content of the DDBJ patent sequence, released a new submission tool of the DDBJ Sequence Read Archive (DRA) which archives massive raw sequencing reads, and enhanced a cloud computing-based analytical system from sequencing reads, the DDBJ Read Annotation Pipeline. In this article, we describe these new functions of the DDBJ databases and support tools.