PGAT: a multistrain analysis resource for microbial genomes
PGAT: a multistrain analysis resource for microbial genomes
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr418
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发表时间：
2011-09-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Rohmer, L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brittnacher, M. J.;Fong, C.;Rohmer, L.
动机：原核基因组分析工具（PGAT）是一个基于网络的数据库应用程序，用于比较多个微生物基因组的基因内容和序列，促进发现可能解释观察到的表型的遗传差异。PGAT支持数据库查询，以确定用户选择的基因组中存在或不存在的基因，比较正交基因组中的序列多态性，查询基因周围区域的多基因组显示，比较代谢途径中基因的分布和手动社区注释。
Motivation: The Prokaryotic-genome Analysis Tool (PGAT) is a web-based database application for comparing gene content and sequence across multiple microbial genomes facilitating the discovery of genetic differences that may explain observed phenotypes. PGAT supports database queries to identify genes that are present or absent in user-selected genomes, comparison of sequence polymorphisms in sets of orthologous genes, multigenome display of regions surrounding a query gene, comparison of the distribution of genes in metabolic pathways and manual community annotation.