Optimization of a method for chromatin immunoprecipitation assays in the marine invertebrate chordate Ciona.
Optimization of a method for chromatin immunoprecipitation assays in the marine invertebrate chordate Ciona.
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DOI：
10.1007/s10126-013-9504-5
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发表时间：
2013-10
影响因子：
3
通讯作者：
Nibu, Yutaka
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aihara, Hitoshi;Katikala, Lavanya;Zeller, Robert W.;Di Gregorio, Anna;Nibu, Yutaka
关键词：
染色质免疫沉淀（ChIP）分析可以有效表征dna结合蛋白在体内占据的基因组区域，从而促进在计算机上预测顺式调控序列并指导其在体内的验证。由于这些原因，随着特异性抗体的可用性增加，这些检测及其排列（例如，ChIP-on-chip, ChIP-Sequencing）目前正在扩展到几种非主流模式生物。在这里，我们描述了一种针对海洋无脊椎脊索动物（Ciona ninterinalis） Brachyury蛋白的多克隆抗体的开发，并提供了一种详细的芯片方案，该方案应易于适用于其他海洋生物。
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays allow the efficient characterization of the in vivo occupancy of genomic regions by DNA-binding proteins, and thus facilitate the prediction of cis-regulatory sequences in silico and guide their validation in vivo. For these reasons, these assays and their permutations (e.g., ChIP-on-chip, ChIP-Sequencing) are currently being extended to several non-mainstream model organisms, as the availability of specific antibodies increases. Here we describe the development of a polyclonal antibody against the Brachyury protein of the marine invertebrate chordate Ciona intestinalis and provide a detailed ChIP protocol that should be easily adaptable to other marine organisms.
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