Straightforward and complete deposition of NMR data to the PDBe.
Straightforward and complete deposition of NMR data to the PDBe.
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DOI：
10.1007/s10858-010-9439-3
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发表时间：
2010-10
影响因子：
2.7
通讯作者：
Vranken WF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Penkett CJ;van Ginkel G;Velankar S;Swaminathan J;Ulrich EL;Mading S;Stevens TJ;Fogh RH;Gutmanas A;Kleywegt GJ;Henrick K;Vranken WF
我们提出了一套软件，用于完整和容易地沉积核磁共振数据到PDB和BMRB。该套件使用CCPN框架，并引入了一个免费下载的图形桌面应用程序，称为CcpNmr条目完成界面（ECI），用于在核磁共振项目的整个生命周期内安全编辑实验信息和相关数据集。CCPN项目可以在CcpNmr分析软件中创建，也可以使用CcpNmr FormatConverter导入现有的NMR数据文件。在进一步输入数据并与ECI进行核对后，可以使用AutoDep将项目快速存入PDBe，或导出为完整的沉积NMR-STAR文件。在使用ECI创建的完整CCPN项目中，可以直接选择化学位移列表、约束数据集、结构集成和所有相关的实验收集细节，这些都是或将成为强制性的，当存入PDB时。ECI的使用说明和下载信息可从PDBe网站http://www.ebi.ac.uk/pdbe/nmr/deposition/eci.html获得。本文的在线版本（doi:10.1007/s10858-010-9439-3）包含补充材料，授权用户可使用。
We present a suite of software for the complete and easy deposition of NMR data to the PDB and BMRB. This suite uses the CCPN framework and introduces a freely downloadable, graphical desktop application called CcpNmr Entry Completion Interface (ECI) for the secure editing of experimental information and associated datasets through the lifetime of an NMR project. CCPN projects can be created within the CcpNmr Analysis software or by importing existing NMR data files using the CcpNmr FormatConverter. After further data entry and checking with the ECI, the project can then be rapidly deposited to the PDBe using AutoDep, or exported as a complete deposition NMR-STAR file. In full CCPN projects created with ECI, it is straightforward to select chemical shift lists, restraint data sets, structural ensembles and all relevant associated experimental collection details, which all are or will become mandatory when depositing to the PDB. Instructions and download information for the ECI are available from the PDBe web site at http://www.ebi.ac.uk/pdbe/nmr/deposition/eci.html. The online version of this article (doi:10.1007/s10858-010-9439-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
2.7
作者：
Doreleijers JF;Vranken WF;Schulte C;Lin J;Wedell JR;Penkett CJ;Vuister GW;Vriend G;Markley JL;Ulrich EL
通讯作者：
Ulrich EL
影响因子：
2.9
作者：
Vranken, WF;Boucher, W;Laue, ED
通讯作者：
Laue, ED
DOI：
10.1073/pnas.0800256105
发表时间：
2008-03-25
影响因子：
11.1
作者：
Shen, Yang;Lange, Oliver;Bax, Ad
通讯作者：
Bax, Ad
DOI：
10.1073/pnas.0610313104
发表时间：
2007-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Cavalli, Andrea;Salvatella, Xavier;Vendruscolo, Michele
通讯作者：
Vendruscolo, Michele
影响因子：
--
作者：
Vranken, Wim F.;Rieping, Wolfgang
通讯作者：
Rieping, Wolfgang