CRISPR-Mediated Activation of Transposable Elements in Embryonic Stem Cells.
CRISPR-Mediated Activation of Transposable Elements in Embryonic Stem Cells.
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CRISPR 介导的胚胎干细胞中转座元件的激活。
DOI：
10.1007/978-1-0716-2380-0_11
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Namekawa,SatoshiH
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Sakashita,Akihiko;Ariura,Masaru;Namekawa,SatoshiH
越来越多的证据表明，转座因子（te）的亚群在细胞类型和物种特异性的方式下作为基因调控元件发挥作用。在这里，我们描述了一个体外系统，使用crispr介导的激活（CRISPRa）来异位激活TEs，用于小鼠胚胎干细胞（ESCs）的功能研究。我们建立了一个稳定的小鼠CRISPRa ESC细胞系，在该细胞系中，引导RNA的表达能够激活te衍生的增强子及其邻近基因的表达。我们展示了te衍生增强子异位激活的一个例子，该增强子在男性减数分裂中起作用，以及ESCs中邻近种系基因的表达。该系统也可以应用于ESCs中不活跃的TEs的功能研究。
Mounting evidence has established that subsets of transposable elements (TEs) function as gene regulatory elements in a cell type- and species-specific manner. Here we describe an in vitro system to ectopically activate TEs using CRISPR-mediated activation (CRISPRa) for functional studies in mouse embryonic stem cells (ESCs). We established a stable mouse CRISPRa ESC line, in which expression of guide RNA enables the activation of TE-derived enhancers and the expression of their adjacent genes. We show an example of ectopic activation of TE-derived enhancers that function in male meiosis, as well as the expression of adjacent germline genes in ESCs. This system can also be applied to functional studies of TEs that are not active in ESCs.