MoSDeF-GOMC: Python Software for the Creation of Scientific Workflows for the Monte Carlo Simulation Engine GOMC
MoSDeF-GOMC: Python Software for the Creation of Scientific Workflows for the Monte Carlo Simulation Engine GOMC
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MoSDeF-GOMC：用于为蒙特卡罗模拟引擎 GOMC 创建科学工作流程的 Python 软件
DOI：
10.1021/acs.jcim.2c01498
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发表时间：
2023
影响因子：
5.6
通讯作者：
Potoff, Jeffrey J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crawford, Brad;Timalsina, Umesh;Quach, Co D.;Craven, Nicholas C.;Gilmer, Justin B.;McCabe, Clare;Cummings, Peter T.;Potoff, Jeffrey J.
MoSDeF-GOMC是蒙特卡罗软件GOMC到分子模拟设计框架（MoSDEF）生态系统的Python接口。MoSDeF-GOMC可自动生成初始坐标、分配力场参数以及写入坐标（PDB）、连通性（PSF）、力场参数和模拟控制文件。该软件降低了新手用户的入门门槛，同时允许高级用户创建复杂的工作流程，将模拟设置，执行和数据分析封装在单个脚本中。所有相关的模拟参数都在工作流程中进行编码，确保模拟的可重复性。MoSDeF-GOMC的能力说明通过一些例子，包括预测的CO2在IRMOF-1的吸附等温线，在很宽的温度范围内的氖和氡的水合自由能，和汽液共存曲线的喷气燃料S-8的四组分替代品。MoSDeF-GOMC软件可在GitHub上获得，网址为https://github.com/GOMC-WSU/MoSDeF-GOMC。
MoSDeF-GOMC is a python interface for the Monte Carlo software GOMC to the Molecular Simulation Design Framework (MoSDeF) ecosystem. MoSDeF-GOMC automates the process of generating initial coordinates, assigning force field parameters, and writing coordinate (PDB), connectivity (PSF), force field parameter, and simulation control files. The software lowers entry barriers for novice users while allowing advanced users to create complex workflows that encapsulate simulation setup, execution, and data analysis in a single script. All relevant simulation parameters are encoded within the workflow, ensuring reproducible simulations. MoSDeF-GOMC’s capabilities are illustrated through a number of examples, including prediction of the adsorption isotherm for CO2in IRMOF-1, free energies of hydration for neon and radon over a broad temperature range, and the vapor–liquid coexistence curve of a four-component surrogate for the jet fuel S-8. The MoSDeF-GOMC software is available on GitHub at https://github.com/GOMC-WSU/MoSDeF-GOMC.
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通讯作者：
Yudong Qiu;Daniel G. A. Smith;S. Boothroyd;H. Jang;J Wagner;Caitlin C. Bannan;T. Gokey;Victoria T. Lim;Chaya D. Stern;A. Rizzi;X. Lucas;B. Tjanaka;Michael R. Shirts;M. Gilson;J. Chodera;C. Bayly;D. Mobley;L. Wang
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