Electronic Absorption Spectra from MM and ab initio QM/MM Molecular Dynamics: Environmental Effects on the Absorption Spectrum of Photoactive Yellow Protein.
Electronic Absorption Spectra from MM and ab initio QM/MM Molecular Dynamics: Environmental Effects on the Absorption Spectrum of Photoactive Yellow Protein.
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DOI：
10.1021/ct3006826
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发表时间：
2012-12-01
影响因子：
5.5
通讯作者：
Martinez, Todd J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Isborn, Christine M.;Goetz, Andreas W.;Clark, Matthew A.;Walker, Ross C.;Martinez, Todd J.
我们描述了一个新的接口的GPU并行TeraChem电子结构包和琥珀分子动力学包的量子力学（QM）和混合QM和分子力学（MM）分子动力学模拟。该QM/MM接口用于计算光活性黄蛋白（PYP）发色团在真空、水溶液和蛋白质环境中的吸收光谱。计算的PYP的激发能需要一个非常大的QM区域（数百个原子）共价键合到生色团，以实现与整个蛋白质量子力学处理的计算一致。我们还表明，40个或更多的周围的水分子必须包括在QM区域，以获得收敛的激发能的溶剂化PYP生色团。这些结果表明，大的QM区域（数百个原子）在QM/MM计算是必要的。
We describe a new interface of the GPU parallelized TeraChem electronic structure package and the Amber molecular dynamics package for quantum mechanical (QM) and mixed QM and molecular mechanical (MM) molecular dynamics simulations. This QM/MM interface is used for computation of the absorption spectra of the photoactive yellow protein (PYP) chromophore in vacuum, aqueous solution, and protein environments. The computed excitation energies of PYP require a very large QM region (hundreds of atoms) covalently bonded to the chromophore in order to achieve agreement with calculations that treat the entire protein quantum mechanically. We also show that 40 or more surrounding water molecules must be included in the QM region in order to obtain converged excitation energies of the solvated PYP chromophore. These results indicate that large QM regions (with hundreds of atoms) are a necessity in QM/MM calculations.
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影响因子：
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作者：
Ben-Nun, M;Martínez, TJ
通讯作者：
Martínez, TJ
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--
作者：
Grabo, T;Petersilka, M;Gross, EKU
通讯作者：
Gross, EKU
影响因子：
4.4
作者：
BECKE, AD
通讯作者：
BECKE, AD
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5.5
作者：
Epifanovsky, Evgeny;Polyakov, Igor;Krylov, Anna I.
通讯作者：
Krylov, Anna I.
DOI：
10.1038/nsb958
发表时间：
2003-08-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Getzoff, ED;Gutwin, KN;Genick, UK
通讯作者：
Genick, UK