Parameterization of aromatic azido groups: application as photoaffinity probes in molecular dynamics studies.
Parameterization of aromatic azido groups: application as photoaffinity probes in molecular dynamics studies.
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DOI：
10.1007/s00894-009-0488-z
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发表时间：
2009-11
影响因子：
2.2
通讯作者：
Petukhov, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pieffet, Gilles;Petukhov, Pavel A.
关键词：
分子动力学（MD）模拟的准确性受到所研究分子系统参数可用性的限制。在大多数力场中，常见化学基团的参数已经存在。随着新型有机小分子作为研究生物系统的探针的发展，越来越多的化学基团需要参数化。叠氮基团常用于生物系统的研究，但由于缺乏参数，计算研究受到阻碍。在本文中，我们提出了一组芳族和脂肪族叠氮基团的分子力学参数及其在光亲和探针的MD模拟中的应用，该探针目前在我们的实验室中用于绘制组蛋白去乙酰化酶活性位点的可用结合模式。采用密度泛函理论计算（DFT）在B3LYP 6-311G(d)水平上建立了广义琥珀力场（GAFF）的参数。通过几何优化和MD仿真对参数进行了验证。
The accuracy of molecular dynamics (MD) simulations is limited by the availability of parameters for the molecular system of interest. In most force fields parameters of common chemical groups are already present. With the development of novel small organic molecules as probes to study biological system more chemical groups require parameterization. An azide group is often used in studies of biological systems yet computational studies are impeded by the lack of parameters. In this paper we present a set of molecular mechanics (MM) parameters for aromatic and aliphatic azido groups and their application in MD simulations of a photoaffinity probe currently used in our laboratory for mapping the binding modes available in the active site of histone deacetylases. The parameters were developed for the Generalized Amber Force Field (GAFF) using density functional theory calculations (DFT) at B3LYP 6-311G(d) level. The parameters were validated by geometry optimization and MD simulations.
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