Slow chromatin dynamics enhances promoter accessibility to transcriptional condensates.
Slow chromatin dynamics enhances promoter accessibility to transcriptional condensates.
复制标题
慢染色质动力学增强启动子对转录浓缩物的可及性。
DOI：
10.1093/nar/gkab275
复制
发表时间：
2021-05-21
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schiessel H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yamamoto T;Sakaue T;Schiessel H
增强子是与靶基因相距较长基因组距离的DNA序列。最近的实验表明，增强子被锚定到转录机器的缩合物的表面，并且环挤出过程增强其靶基因的转录水平。在这里，我们从理论上研究了由增强子和其靶基因的启动子之间的接头DNA的环挤出驱动的聚合物动力学，以计算启动子与缩合物中的转录机器的接触概率。我们的理论预测，当环挤出过程是积极的，接触概率增加，随着连接DNA长度的增加。这一发现反映了这样一个事实，即启动子保持在转录缩合物表面附近的弛豫时间随着接头DNA长度的增加而增加。这与平衡情况形成对比，其中启动子和转录机器之间的接触概率对于较长的接头DNA长度较小。
Enhancers are DNA sequences at a long genomic distance from target genes. Recent experiments suggest that enhancers are anchored to the surfaces of condensates of transcription machinery and that the loop extrusion process enhances the transcription level of their target genes. Here, we theoretically study the polymer dynamics driven by the loop extrusion of the linker DNA between an enhancer and the promoter of its target gene to calculate the contact probability of the promoter to the transcription machinery in the condensate. Our theory predicts that when the loop extrusion process is active, the contact probability increases with increasing linker DNA length. This finding reflects the fact that the relaxation time, with which the promoter stays in proximity to the surface of the transcriptional condensate, increases as the length of the linker DNA increases. This contrasts the equilibrium case for which the contact probability between the promoter and the transcription machineries is smaller for longer linker DNA lengths.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Lavelle C;Victor JM;Zlatanova J
通讯作者：
Zlatanova J
影响因子：
2.4
作者：
MARKO, JF;SIGGIA, ED
通讯作者：
SIGGIA, ED
影响因子：
64.5
作者：
Boija A;Klein IA;Sabari BR;Dall'Agnese A;Coffey EL;Zamudio AV;Li CH;Shrinivas K;Manteiga JC;Hannett NM;Abraham BJ;Afeyan LK;Guo YE;Rimel JK;Fant CB;Schuijers J;Lee TI;Taatjes DJ;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Guo, Yang Eric;Manteiga, John C.;Young, Richard A.
通讯作者：
Young, Richard A.