Network analysis of SRC-1 reveals a novel transcription factor hub which regulates endocrine resistant breast cancer.
Network analysis of SRC-1 reveals a novel transcription factor hub which regulates endocrine resistant breast cancer.
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DOI：
10.1038/s41388-017-0042-x
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发表时间：
2018-04
期刊：
影响因子：
8
通讯作者：
Young LS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Browne AL;Charmsaz S;Varešlija D;Fagan A;Cosgrove N;Cocchiglia S;Purcell S;Ward E;Bane F;Hudson L;Hill AD;Carroll JS;Redmond AM;Young LS
类固醇受体辅激活因子1（SRC-1）与核受体和其他转录因子（TF）相互作用，启动转录网络并调节下游基因，使癌细胞逃避治疗和转移。在这里，我们采取了自上而下的发现方法来绘制SRC-1在内分泌抵抗性乳腺癌中的转录网络。首先，采用内源性蛋白质的快速免疫沉淀质谱法（RIME）来发现新的SRC-1 TF伴侣。接下来，进行RNA测序（RNAseq）以研究SRC-1 TF靶基因。分子和患者来源的异种移植物研究证实，STAT 1是一种新的SRC-1 TF伴侣，在调节四种SRC-1转录靶点（NFIA、SMAD 2、E2 F7和ASCL 1）中很重要。扩展网络分析确定了一个下游79个基因网络，在RNAseq研究中研究了其临床相关性，这些研究来自内分泌耐药患者的匹配原发性和局部复发性肿瘤。我们认为SRC-1可以独立于雌激素受体与STAT 1结合，启动转录级联反应并控制关键内分泌抵抗基因的调节。
Steroid receptor coactivator 1 (SRC-1) interacts with nuclear receptors and other transcription factors (TFs) to initiate transcriptional networks and regulate downstream genes which enable the cancer cell to evade therapy and metastasise. Here we took a top–down discovery approach to map out the SRC-1 transcriptional network in endocrine resistant breast cancer. First, rapid immunoprecipitation mass spectrometry of endogenous proteins (RIME) was employed to uncover new SRC-1 TF partners. Next, RNA sequencing (RNAseq) was undertaken to investigate SRC-1 TF target genes. Molecular and patient-derived xenograft studies confirmed STAT1 as a new SRC-1 TF partner, important in the regulation of a cadre of four SRC-1 transcription targets, NFIA, SMAD2, E2F7 and ASCL1. Extended network analysis identified a downstream 79 gene network, the clinical relevance of which was investigated in RNAseq studies from matched primary and local-recurrence tumours from endocrine resistant patients. We propose that SRC-1 can partner with STAT1 independently of the estrogen receptor to initiate a transcriptional cascade and control regulation of key endocrine resistant genes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
--
作者：
Kim J;Kong J;Chang H;Kim H;Kim A
通讯作者：
Kim A
DOI：
10.1186/bcr2645
发表时间：
2010
期刊：
Breast cancer research : BCR
影响因子：
--
作者：
Hoefnagel LD;van de Vijver MJ;van Slooten HJ;Wesseling P;Wesseling J;Westenend PJ;Bart J;Seldenrijk CA;Nagtegaal ID;Oudejans J;van der Valk P;van der Groep P;de Vries EG;van der Wall E;van Diest PJ
通讯作者：
van Diest PJ
影响因子：
4.8
作者：
Debnath, J;Muthuswamy, SK;Brugge, JS
通讯作者：
Brugge, JS
影响因子：
4.8
作者：
Maeda, Y;Hunter, TC;Whitsett, JA
通讯作者：
Whitsett, JA