High Diversity of Testate Amoebae (Amoebozoa, Arcellinida) Detected by HTS Analyses in a New England Fen using Newly Designed Taxon‐specific Primers
High Diversity of Testate Amoebae (Amoebozoa, Arcellinida) Detected by HTS Analyses in a New England Fen using Newly Designed Taxon‐specific Primers
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使用新设计的分类单元特异性引物，通过 HTS 分析在新英格兰沼泽中检测到有遗嘱变形虫（Amoebozoa、Arcellinida）的高度多样性
DOI：
10.1111/jeu.12794
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发表时间：
2020
影响因子：
2.2
通讯作者：
Katz, Laura A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ruggiero, Alistaire;Grattepanche, Jean‐David;Weiner, Agnes K. M.;Katz, Laura A.
无壳（造壳）变形虫，如阿米巴虫（阿米巴虫）是气候变化的有用生物指标。虽然过去的工作依赖于形态分析来表征Arcellinida的多样性，但遗传分析显示，在形态种之下存在多个隐种。在这里，我们设计并部署了针对SSU - rDNA基因的Arcellinida特异性引物，以在分子水平上评估来自新英格兰沼泽的两个样本的群落组成：(1)36‐cm的水平样带和垂直核心；(2) 26 μm水平断面分为4个尺寸类别（2 - 10 μm、10-35 μm、35-100 μm和100-300 μm）。分析结果表明：(1)Arcellinida具有相当大的遗传多样性，其中大部分来自GenBank上缺乏序列的形态种；(2)以DNA为特征的群落（即活跃+静止）与以RNA为特征的群落（即活跃，生物量指标）不同；(3)地表活跃群落之间的相似性大于核心群落之间的相似性，尽管存在较大的异质性；(4)对按大小划分的群落进行分析，发现一些谱系（OTUs）在不相交的大小类别中丰富，表明可能存在生活史阶段。总之，这些数据证明了这些引物在阐明不同生境中Arcellinida群落多样性方面的潜力。
Testate (shell‐building) amoebae, such as the Arcellinida (Amoebozoa), are useful bioindicators for climate change. Though past work has relied on morphological analyses to characterize Arcellinida diversity, genetic analyses revealed the presence of multiple cryptic species underlying morphospecies. Here, we design and deploy Arcellinida‐specific primers for the SSU‐rDNA gene to assess the community composition on the molecular level in a pilot study of two samplings from a New England fen: (1) 36‐cm horizontal transects and vertical cores; and (2) 26‐m horizontal transects fractioned into four size classes (2–10, 10–35, 35–100, and 100–300 μm). Analyses of these data show the following: (1) a considerable genetic diversity within Arcellinida, much of which comes from morphospecies lacking sequences on GenBank; (2) communities characterized by DNA (i.e. active + quiescent) are distinct from those characterized by RNA (i.e. active, indicator of biomass); (3) active communities on the surface tend to be more similar to one another than to core communities, despite considerable heterogeneity; and (4) analyses of communities fractioned by size find some lineages (OTUs) that are abundant in disjunct size categories, suggesting the possibility of life‐history stages. Together, these data demonstrate the potential of these primers to elucidate the diversity of Arcellinida communities in diverse habitats.
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DOI：
--
发表时间：
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--
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通讯作者：
H. Vasander
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